已解决：单机Cento7安装Torque失败

Tanmin · 发表于 Post on 2021-12-29 17:13:16

本帖最后由 Tanmin 于 2021-12-29 23:42 编辑

大家好：
我在单机双路服务器（36核）Centos7系统上安装Torque，安装时四个服务pbs_server、pbs_sched、pbs_mom、trqauthd均显示正常（见图1），也可正常显示节点信息（见图2），正常输出队列信息（见图3）。为了稳妥起见，我在虚拟机上操作两次均正常安装Torque，且可以正常提交任务，排队计算得到结果。但在服务器上安装时出现下述问题：

问题：当我退出管理员账户时，相关指令无效，如qnodes, qmgr, 显示 “command not found", 再进入管理员账户员用户同样无效（见图4）。请大伙帮帮忙

前期安装过程中，我已通过下列指令添加自启动和环境变量

cp contrib/init.d/{pbs_{server,sched,mom},trqauthd} /etc/init.d/
for i in pbs_server pbs_sched pbs_mom trqauthd; do chkconfig --add $i; chkconfig $i on; done
systemctl enable pbs_server.service
systemctl enable pbs_mom.service
systemctl enable pbs_sched.service
systemctl enable trqauthd.service
TORQUE=/usr/local/torque
echo "TORQUE=$TORQUE" >>/etc/profile
echo "export PATH1=\$PATH1:$TORQUE/bin:$TORQUE/sbin" >>/etc/profile
source /etc/profile

复制代码

图1. 四项服务正常启动

图2. 节点信息

图3. 队列信息

图4. 错误信息

Tanmin · 发表于 Post on 2021-12-31 15:01:25

monk1077 发表于 2021-12-31 10:48
对的，openhpc源里也有。

谢谢您指导，我回头用虚拟机先练习练习，目前还只用到计算任务提交排队这么初级功能，对于slurm与Torque的区别及优缺点还真得找资料了解了解。比如先去论坛里把相关的贴文看完。

monk1077 · 发表于 Post on 2021-12-31 10:51:21

Tanmin 发表于 2021-12-30 19:59
您说的直接从epel源抓取的意思是添加epel安装源后，采用yum install 等指令直接安装，不需要像Torque那样 ...

可以参考这个
https://www.bilibili.com/video/B ... id_from=333.337.0.0

monk1077 · 发表于 Post on 2021-12-31 10:48:06

Tanmin 发表于 2021-12-30 19:59
您说的直接从epel源抓取的意思是添加epel安装源后，采用yum install 等指令直接安装，不需要像Torque那样 ...

对的，openhpc源里也有。

abin · 发表于 Post on 2021-12-30 21:23:41

Tanmin 发表于 2021-12-30 19:59
您说的直接从epel源抓取的意思是添加epel安装源后，采用yum install 等指令直接安装，不需要像Torque那样 ...

dnf install slurm*

或者查询我的签名信息。

Tanmin · 发表于 Post on 2021-12-30 19:59:21

monk1077 发表于 2021-12-30 19:49
slurm的话：RHEL系系统最简单的可以直接从epel源里抓取

您说的直接从epel源抓取的意思是添加epel安装源后，采用yum install 等指令直接安装，不需要像Torque那样进行诸多手动设置？

Tanmin · 发表于 Post on 2021-12-30 19:57:11

monk1077 发表于 2021-12-30 19:46
默认安装的torque有内存，堆栈等限制，需要手动调整一下。

谢谢您提供的宝贵意见，正愁没思路，我去搜搜法子，晚点再来报告！
十分感谢

monk1077 · 发表于 Post on 2021-12-30 19:49:52

slurm的话：RHEL系系统最简单的可以直接从epel源里抓取

monk1077 · 发表于 Post on 2021-12-30 19:46:57

Tanmin 发表于 2021-12-30 19:37
终究懂得的太少，只能一步步学，昨晚的装机虽然成功了，但很奇怪，提交测试任务计算没问题，后面提交 ...

默认安装的torque有内存，堆栈等限制，需要手动调整一下。

Tanmin · 发表于 Post on 2021-12-30 19:37:35

bluewhale 发表于 2021-12-30 17:51
现在比较流行的是SLURM, Torque/maui装机的非常少了。

终究懂得的太少，只能一步步学，昨晚的装机虽然成功了，但很奇怪，提交测试任务计算没问题，后面提交的几个任务均报错，显示forrtl: severe (174): SIGSEGV, segmentation fault occurred，但是不用Torque，又都能正常计算，还得找找原因。
之前超算一直用slurm,想不到自己装单机难度这么大。

bluewhale · 发表于 Post on 2021-12-30 17:51:21

现在比较流行的是SLURM, Torque/maui装机的非常少了。

Tanmin · 发表于 Post on 2021-12-29 22:38:30

自己来报告一下：
重新参考https://m.bilibili.com/video/BV1d4411r7WF/ 的教程，将自己原本修改的环境变量及文件复原后，安装成功，但有以下几个问题供大家参考：
1. 可能是自己之前安装有所修改，在启动pbs_server和pbs_mom时，没有像视频中出现
Created symlink from /etc/systemd/system/multi-user.target.wants/pbs_server.service to /usr/lib/systemd/system/pbs_server.service.
但后续查看服务状态时，均是激活状态，故认为无碍；
2. 全部安装后，确实可以运行相关指令，也可在普通用户下提交任务，但任务一直在排队。经查资料，可能是任务调度服务没有开启，该服务由pbs_sched负责，可能是由于我之前安装所致，同时我在此番安装过程中确实没有启动pbs_sched,故参考启动pbs_server和pbs_mom的方法启动了pbs_sched.
i> 确认是否有该文件：

ll /usr/lib/systemd/system/pbs_sched.service

复制代码

ii> 为保险起见，参考了之前文件的权限：

chmod 611 /usr/lib/systemd/system/pbs_sched.service

复制代码

iii> 激活服务：

systemctl enable pbs_sched.service
systemctl start pbs_sched.service

复制代码

iV> 检查是否激活：

systemctl status pbs_sched.service

复制代码

我自己操作记录如下

[root@master torque-6.1.1.1]# ll /usr/lib/systemd/system/pbs_sched.service
ls: cannot access /usr/lib/systemd/system/pbs_sched.service: No such file or directory
[root@master torque-6.1.1.1]# ls contrib/systemd/
Makefile pbs_mom.service pbs_sched.service.in trqauthd.service
Makefile.am pbs_mom.service.in pbs_server.service trqauthd.service.in
Makefile.in pbs_sched.service pbs_server.service.in
[root@master torque-6.1.1.1]# cp contrib/systemd/pbs_sched.service /usr/lib/systemd/system/
[root@master torque-6.1.1.1]# ll /usr/lib/systemd/system/pbs_sched.service
-r--r--r-- 1 root root 604 Dec 29 22:09 /usr/lib/systemd/system/pbs_sched.service
[root@master torque-6.1.1.1]# chmod 611 /usr/lib/systemd/system/pbs_sched.service
[root@master torque-6.1.1.1]# ll /usr/lib/systemd/system/pbs_sched.service
-rw---x--x 1 root root 604 Dec 29 22:09 /usr/lib/systemd/system/pbs_sched.service
[root@master torque-6.1.1.1]# systemctl enable pbs_sched.service
Created symlink from /etc/systemd/system/multi-user.target.wants/pbs_sched.service to /usr/lib/systemd/system/pbs_sched.service.
[root@master torque-6.1.1.1]# systemctl start pbs_sched.service
[root@master torque-6.1.1.1]# systemctl status pbs_sched.service
● pbs_sched.service - TORQUE pbs_sched daemon
Loaded: loaded (/usr/lib/systemd/system/pbs_sched.service; enabled; vendor preset: disabled)
Active: active (running) since Wed 2021-12-29 22:11:34 CST; 34s ago
Process: 47096 ExecStart=/usr/local/sbin/pbs_sched -d $PBS_HOME $PBS_ARGS (code=exited, status=0/SUCCESS)
Main PID: 47100 (pbs_sched)
Tasks: 1
CGroup: /system.slice/pbs_sched.service
└─47100 /usr/local/sbin/pbs_sched -d /var/spool/torque
Dec 29 22:11:34 master systemd[1]: Starting TORQUE pbs_sched daemon...
Dec 29 22:11:34 master systemd[1]: Started TORQUE pbs_sched daemon.

复制代码

Tanmin · 发表于 Post on 2021-12-29 22:19:37

bluewhale 发表于 2021-12-29 20:59
PATH1？->
export PATH=$PATH:$TORQUE/bin:$TORQUE/sbin

谢谢，后来我自己检查发现了这个错误，但是修改后，每次退出shell,就失效。
后来推倒重来，问题解决了。

abin · 发表于 Post on 2021-12-29 21:05:00

Tanmin 发表于 2021-12-29 21:01
abin:
您好，我想请问一下，为何您在编译的时候用的是 make -j 4; 而在设置节点核数时，即 vi /var/spoo ...

前一句和后一句没有关系

最后一问，看手册，我记不住细节。

Tanmin · 发表于 Post on 2021-12-29 21:01:20

abin 发表于 2021-12-29 18:32
https://m.bilibili.com/video/BV1d4411r7WF/

仅供参考

abin:
您好，我想请问一下，为何您在编译的时候用的是 make -j 4; 而在设置节点核数时，即 vi /var/spool/torque/server_priv/nodes，仅写了master np=2, 如果我是两块CPU（18核，共36），此处写master=36 是否有问题？

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