求助：计算水的溶剂化自由能报错

xjtu_zk · 发表于 Post on 2022-1-2 17:37:20

本帖最后由 xjtu_zk 于 2022-1-2 21:22 编辑

本人使用gromacs计算水的溶剂化自由能，具体步骤如下：
1.从gromacs安装目录复制tip5p.gro文件至工作目录，对其进行了修改：将512个水分子缩减为1个水分子；将文件中的SOL字段替换为WAT，保存为WAT.gro。
2.从gromacs安装目录复制tip5p.itp文件至工作目录，对其进行了修改：SOL字段替换为WAT，保存为WAT.itp
3.使用（gmx insert-molecules -ci WAT.gro -o box.gro -nmol 1 -box 5 5 5）命令将一个水分子插入到5nm的立方体盒子中。
4.使用(gmx solvate -cs tip5p -cp box.gro -o conf.gro -p topol.top)命令向立方体盒子中填充水，并写入拓扑文件。5.定义mdp文件中的couple-moltype为WAT。
6.使用run.bsh脚本文件进行自由能计算。min1完成后，min2报错如下：

The [molecules] section of your topology specifies more than one block of
a [moleculetype] with a [settles] block. Only one such is allowed.
If you are trying to partition your solvent into different *groups*
(e.g. for freezing, T-coupling, etc.), you are using the wrong approach. Index
files specify groups. Otherwise, you may wish to change the least-used
block of molecules with SETTLE constraints into 3 normal constraints.

请各位前辈帮忙看看我的方法有什么问题，指教下这种计算自身溶剂化自由能应该如何计算？谢谢！所有文件我也作为附件上传了。

WINW.zip (1.23 MB, 下载次数 Times of downloads: 24)

五月雨 · 发表于 Post on 2022-4-18 19:13:34

xjtu_zk 发表于 2022-1-4 12:35
我修改了WAT.itp文件，可以跑下去了，但是不知道这样修改是否合理？各位前辈帮忙看看。。。谢谢！

请问楼主是怎么把水的gro文件里的数目扩充到4000多的

xjtu_zk · 发表于 Post on 2022-1-4 12:35:47

我修改了WAT.itp文件，可以跑下去了，但是不知道这样修改是否合理？各位前辈帮忙看看。。。谢谢！

WAT.itp (1.85 KB, 下载次数 Times of downloads: 7)

wzkchem5 · 发表于 Post on 2022-1-2 17:44:03

步骤没贴上来

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