如何在resp电荷批量计算中指定分子的Spin multiplicity

wangzhehyd · 发表于 Post on 2022-1-3 11:12:07

计算resp电荷时需要指定分子的Spin multiplicity，如何在批量计算中自动指定这个值？

wangzhehyd · 发表于 Post on 2022-1-4 15:09:40

wzkchem5 发表于 2022-1-3 22:23
如果可以确定所有分子都是闭壳层的，那么自旋多重度都设为1就行了。一般药物分子极少有不是闭壳层的。质 ...

好的，多谢

wzkchem5 · 发表于 Post on 2022-1-3 22:23:58

wangzhehyd 发表于 2022-1-3 14:52
感谢回复！所研究的体系多是药物设计领域的普通有机小分子，有些分子会因为质子化或者去质子化带电荷。

如果可以确定所有分子都是闭壳层的，那么自旋多重度都设为1就行了。一般药物分子极少有不是闭壳层的。质子化或去质子化一般只改变电荷而不改变自旋多重度

wangzhehyd · 发表于 Post on 2022-1-3 21:53:40

wzkchem5 发表于 2022-1-3 17:29
这取决于你计算的分子是什么。不存在一种方法能对于任何的奇形怪状的分子都能一次把自旋多重度指定对，但是 ...

感谢回复！看来这个问题还挺麻烦的

wangzhehyd · 发表于 Post on 2022-1-3 21:52:35

sobereva 发表于 2022-1-3 20:49
如果你是想用《计算RESP原子电荷的超级懒人脚本（一行命令就算出结果）》（http://sobereva.com/476）的脚 ...

感谢回复！所研究的体系多是药物设计领域的普通有机小分子，有些分子会因为质子化或者去质子化带电荷。

sobereva · 发表于 Post on 2022-1-3 20:49:10

如果你是想用《计算RESP原子电荷的超级懒人脚本（一行命令就算出结果）》（http://sobereva.com/476）的脚本做批量计算，你得交代你计算的那些体系都是什么体系
比如如果都是成键方式普通的有机体系，一般可以都设0 1。如果是过渡金属配合物，除非各个自旋态能量分别计算和对比，否则没有绝对可靠的方法能不计算就直接预测对实际基态的自旋态。

wzkchem5 · 发表于 Post on 2022-1-3 17:29:36

这取决于你计算的分子是什么。不存在一种方法能对于任何的奇形怪状的分子都能一次把自旋多重度指定对，但是如果对分子的选取范围有限制，那么可能是可以自动指定的，比如一个极端的例子就是如果已知所有分子的单电子数目都不超过1个，那么只需要数一下电子数是奇数个还是偶数个就行了。如果你计算的分子确实非常多样化，没办法自动指定自旋多重度，那么唯一保险的方式就是把所有可能的自旋多重度都算一遍，取能量最低的（不过即便这样也需要知道这些分子最大可能的自旋多重度是多少，比如我之前遇到过有人只算了1、3、5、7然后取能量最低的，结果实际上这个分子的自旋多重度是11）

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