如何在Linux命令行/Python中调用vmd并运行tcl命令？

Xcution · 发表于 Post on 2022-1-4 14:24:24

各位老师好！
我的目的是想把LAMMPS的.data文件转化为.psf文件，以获取模拟体系的拓扑结构。
在使用window版本的vmd时从图形界面Main进入Extensions-TK Console中输入如下命令就可以实现转化：
topo readlammpsdata XXX.data full
animate write psf XXX.psf

现在我想要把上述命令集成到Python脚本中，因此想直接在Linux的命令行/Python中完成上述操作，而不需要打开vmd图形界面，不知道该如何实现？

Xcution · 发表于 Post on 2022-1-4 17:05:00

12342234 发表于 2022-1-4 15:30
我只会调用tcl脚本的把载入文件的命令写到脚本里面即可
调用vmd后台运行tcl脚本命令：
exec vmd -dispde ...

非常感谢！
我把vmd topotool里我需要的proc放到一个tcl脚本里，再加上上面两行命令，结合你给的命令就可以运行了。

12342234 · 发表于 Post on 2022-1-4 15:30:02

我只会调用tcl脚本的把载入文件的命令写到脚本里面即可
调用vmd后台运行tcl脚本命令：
exec vmd -dispdev none -e 123.tcl > 123.out 2>> /dev/null &

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[VMD] 如何在Linux命令行/Python中调用vmd并运行tcl命令？

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