对柔性分子进行构象搜索时产生的一些疑问

卿筱枫 · 发表于 Post on 2022-1-4 17:02:18

老师们好，我在对一个柔性分子进行构象搜索计算溶剂下的自由能时，采用高斯计算自由能热校正量加上orca高精度单点能的方式，我发现1和2两种构象的自由能差异主要来自于自由能热校正量而不是电子能量的差异，想请问自由能热校正量与分子结构的什么因素有关呢，因为我在分析弱相互作用的时候发现构象1几乎没有弱相互作用，而构象2的弱相互作用很大，但是1的溶剂下自由能确低于2（分析发现是由于1的自由能热校正量显著低于2），是不是弱相互作用影响的是分子的电子能量？
还有老师们我想请问一下，自由能热校正量与分子结构的什么因素有关呢？

dantevinsky · 发表于 Post on 2022-1-6 09:52:50

“我发现1和2两种构象的自由能差异主要来自于自由能热校正量而不是电子能量的差异”，大致是由于柔性分子的低频振动导致的，柔性分子低频振动一般是分子内扭转，传统的Harmonic Oscillator模型不能够描述这种模式。如果你想粗略处理的话可以采用Sob老师的Shermo，如果是主打相关热力学分析计算的，需要采用专门的处理方法。

wzkchem5 · 发表于 Post on 2022-1-5 17:41:58

卿筱枫发表于 2022-1-5 02:09
老师您好，感谢您的答疑，但我后来就是如您所说的操作，结果表明没有很多弱相互作用的构象反而能量低，觉 ...

什么叫“没有很多弱相互作用的构象”？你是如何判断弱相互作用的多少的？有的判据确实会和能量趋势不一致

卿筱枫 · 发表于 Post on 2022-1-5 09:09:55

wzkchem5 发表于 2022-1-4 20:05
高斯计算自由能校正的方法（RRHO）对于弱相互作用体系不准，建议用Shermo读取高斯的输出文件，用quasi-RRHO ...

老师您好，感谢您的答疑，但我后来就是如您所说的操作，结果表明没有很多弱相互作用的构象反而能量低，觉得很奇怪

sobereva · 发表于 Post on 2022-1-5 01:52:34

Shermo可以把热力学量的每个贡献部分都给出来，振动部分还能分解成每个振动模式的贡献，结合热力学知识（Shermo手册附录有充分的介绍），仔细对比一下便知
弱相互作用对热力学校正量和电子能量都有影响

wzkchem5 · 发表于 Post on 2022-1-4 20:05:38

高斯计算自由能校正的方法（RRHO）对于弱相互作用体系不准，建议用Shermo读取高斯的输出文件，用quasi-RRHO方法重算。参见http://sobereva.com/552

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