请教关于如何统计每一个残基和全部水的氢键数量

Aristotler · 发表于 Post on 2022-1-6 11:01:34

本帖最后由 Aristotler 于 2022-1-6 11:04 编辑

各位老师，同学大家好。在下使用gmx analyze -f hbnum.xvg 分析每一个SO42-和全部水的氢键数的数量平均等于12，违背常理。（该分析并不是分析全部SO42-和水氢键数量，而且对每一个SO42-和水的氢键数进行逐一分析）请老师同学帮助分析其中错误原因。我的分析步骤是：
（1）定位每一个SO42-的序号，利用组对其定义，如图1所示：

r 81是我定位的第一个SO42-残基
（2）计算两组之间的氢键数，如图2所示：

（3）最后用gmx analyze -f hbnum.xvg 分析平均氢键数，如图3所示：

读取红色线框的数据定为一个SO42-和盒子中全部水的氢键数，其数值均为12，似乎不符合常理。其他SO42-利用循环脚本依次执行上述步骤。
之前在卢老师gromacs基础班上学习过计算水体系中平均氢键数目，是把红色线框的数值除以水总数，再乘以2表示平均氢键。但针对我的体系我算的是一个SO42-与全部水的氢键数，于是我认定应该就是红色线框的数值，不知是否正确，劳烦老师同学指教。谢谢

Aristotler · 发表于 Post on 2022-1-6 11:14:25

sobereva 发表于 2022-1-6 11:10
建议你在VMD里用Hbonds显示方式把这个硫酸根和周围的水的氢键显示出来，注意把阈值调成和gmx hbond默认的一 ...

谢谢老师，我执行一下

sobereva · 发表于 Post on 2022-1-6 11:10:51

建议你在VMD里用Hbonds显示方式把这个硫酸根和周围的水的氢键显示出来，注意把阈值调成和gmx hbond默认的一样（此时VMD键角阈值是43度），肉眼一看便知怎么回事

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