药物分子有金属钌利用autodock进行分子对接报错

weixue

大家好！最近在学习用autodock进行分子对接，我的药物分子是有金属钌（Ru）并且整体显两个单位正电荷，请问能实现和蛋白质的对接吗？ 因为我进行的时候跑到有一步报错说不能使用Ru原子

tomwong4253

autodock适用面很窄的，别说过渡金属钌了，连铁铜这种常见的金属离子都没有合适的参数去描述，建议按照氨基酸侧链的性质试几个位置做QM计算。别的帖子有过类似的问题http://bbs.keinsci.com/thread-5222-1-1.html，里边的回复供参考。