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模型为24条完全相同的肽链，每条链的氨基酸残疾都是YFTEF，初始为反平行的β结构，跑完能量最小化后，有三条链的结构发生变化，并没有放开位置限制。24链的原子排序和拓扑结构一样，实在找不出出错的原因，还请各位老师多多指教。图片是跑完能量最小化的结构以及能量最小化的.mdp文件。1、拓扑文件：
; Include forcefield parameters
#include "oplsaa.ff/forcefield.itp"
[ moleculetype ]
; Name nrexcl
Protein_chain_A 3
[ atoms ]
; nr type resnr residue atom cgnr charge mass typeB chargeB massB
; residue 1 TYR rtp TYR q +1.0
1 opls_287 1 TYR N 1 -0.3 14.0027
2 opls_290 1 TYR H1 1 0.33 1.008
3 opls_290 1 TYR H2 1 0.33 1.008
4 opls_290 1 TYR H3 1 0.33 1.008
5 opls_293B 1 TYR CA 1 0.25 12.011
6 opls_140 1 TYR HA 1 0.06 1.008
7 opls_149 1 TYR CB 2 -0.005 12.011
8 opls_140 1 TYR HB1 2 0.06 1.008
9 opls_140 1 TYR HB2 2 0.06 1.008
10 opls_145 1 TYR CG 2 -0.115 12.011
11 opls_145 1 TYR CD1 3 -0.115 12.011
12 opls_146 1 TYR HD1 3 0.115 1.008
13 opls_145 1 TYR CD2 4 -0.115 12.011
14 opls_146 1 TYR HD2 4 0.115 1.008
15 opls_145 1 TYR CE1 5 -0.115 12.011
16 opls_146 1 TYR HE1 5 0.115 1.008
17 opls_145 1 TYR CE2 6 -0.115 12.011
18 opls_146 1 TYR HE2 6 0.115 1.008
19 opls_166 1 TYR CZ 7 0.15 12.011
20 opls_167 1 TYR OH 7 -0.585 15.9994
21 opls_168 1 TYR HH 7 0.435 1.008
22 opls_235 1 TYR C 8 0.5 12.011
23 opls_236 1 TYR O 8 -0.5 15.9994 ; qtot 1
; residue 2 PHE rtp PHE q 0.0
24 opls_238 2 PHE N 9 -0.5 14.0067
25 opls_241 2 PHE H 9 0.3 1.008
26 opls_224B 2 PHE CA 9 0.14 12.011
27 opls_140 2 PHE HA 9 0.06 1.008
28 opls_149 2 PHE CB 10 -0.005 12.011
29 opls_140 2 PHE HB1 10 0.06 1.008
30 opls_140 2 PHE HB2 10 0.06 1.008
31 opls_145 2 PHE CG 10 -0.115 12.011
32 opls_145 2 PHE CD1 11 -0.115 12.011
33 opls_146 2 PHE HD1 11 0.115 1.008
34 opls_145 2 PHE CD2 12 -0.115 12.011
35 opls_146 2 PHE HD2 12 0.115 1.008
36 opls_145 2 PHE CE1 13 -0.115 12.011
37 opls_146 2 PHE HE1 13 0.115 1.008
38 opls_145 2 PHE CE2 14 -0.115 12.011
39 opls_146 2 PHE HE2 14 0.115 1.008
40 opls_145 2 PHE CZ 15 -0.115 12.011
41 opls_146 2 PHE HZ 15 0.115 1.008
42 opls_235 2 PHE C 16 0.5 12.011
43 opls_236 2 PHE O 16 -0.5 15.9994 ; qtot 1
; residue 3 THR rtp THR q 0.0
44 opls_238 3 THR N 17 -0.5 14.0067
45 opls_241 3 THR H 17 0.3 1.008
46 opls_224B 3 THR CA 17 0.14 12.011
47 opls_140 3 THR HA 17 0.06 1.008
48 opls_158 3 THR CB 18 0.205 12.011
49 opls_140 3 THR HB 18 0.06 1.008
50 opls_154 3 THR OG1 18 -0.683 15.9994
51 opls_155 3 THR HG1 18 0.418 1.008
52 opls_135 3 THR CG2 19 -0.18 12.011
53 opls_140 3 THR HG21 19 0.06 1.008
54 opls_140 3 THR HG22 19 0.06 1.008
55 opls_140 3 THR HG23 19 0.06 1.008
56 opls_235 3 THR C 20 0.5 12.011
57 opls_236 3 THR O 20 -0.5 15.9994 ; qtot 1
; residue 4 GLU rtp GLU q -1.0
58 opls_238 4 GLU N 21 -0.5 14.0067
59 opls_241 4 GLU H 21 0.3 1.008
60 opls_224B 4 GLU CA 21 0.14 12.011
61 opls_140 4 GLU HA 21 0.06 1.008
62 opls_136 4 GLU CB 22 -0.12 12.011
63 opls_140 4 GLU HB1 22 0.06 1.008
64 opls_140 4 GLU HB2 22 0.06 1.008
65 opls_274 4 GLU CG 23 -0.22 12.011
66 opls_140 4 GLU HG1 23 0.06 1.008
67 opls_140 4 GLU HG2 23 0.06 1.008
68 opls_271 4 GLU CD 24 0.7 12.011
69 opls_272 4 GLU OE1 24 -0.8 15.9994
70 opls_272 4 GLU OE2 24 -0.8 15.9994
71 opls_235 4 GLU C 25 0.5 12.011
72 opls_236 4 GLU O 25 -0.5 15.9994 ; qtot 0
; residue 5 PHE rtp PHE q -1.0
73 opls_238 5 PHE N 26 -0.5 14.0067
74 opls_241 5 PHE H 26 0.3 1.008
75 opls_283 5 PHE CA 26 0.04 12.011
76 opls_140 5 PHE HA 26 0.06 1.008
77 opls_149 5 PHE CB 27 -0.005 12.011
78 opls_140 5 PHE HB1 27 0.06 1.008
79 opls_140 5 PHE HB2 27 0.06 1.008
80 opls_145 5 PHE CG 27 -0.115 12.011
81 opls_145 5 PHE CD1 28 -0.115 12.011
82 opls_146 5 PHE HD1 28 0.115 1.008
83 opls_145 5 PHE CD2 29 -0.115 12.011
84 opls_146 5 PHE HD2 29 0.115 1.008
85 opls_145 5 PHE CE1 30 -0.115 12.011
86 opls_146 5 PHE HE1 30 0.115 1.008
87 opls_145 5 PHE CE2 31 -0.115 12.011
88 opls_146 5 PHE HE2 31 0.115 1.008
89 opls_145 5 PHE CZ 32 -0.115 12.011
90 opls_146 5 PHE HZ 32 0.115 1.008
91 opls_271 5 PHE C 33 0.7 12.011
92 opls_272 5 PHE O1 33 -0.8 15.9994
93 opls_272 5 PHE O2 33 -0.8 15.9994 ; qtot -1
[ bonds ]
; ai aj funct c0 c1 c2 c3
1 2 1
1 3 1
1 4 1
1 5 1
5 6 1
5 7 1
5 22 1
7 8 1
7 9 1
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10 13 1
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17 19 1
19 20 1
20 21 1
22 23 1
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24 25 1
24 26 1
26 27 1
26 28 1
26 42 1
28 29 1
28 30 1
28 31 1
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32 33 1
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34 35 1
34 38 1
36 37 1
36 40 1
38 39 1
38 40 1
40 41 1
42 43 1
42 44 1
44 45 1
44 46 1
46 47 1
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46 56 1
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48 50 1
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52 54 1
52 55 1
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58 59 1
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60 62 1
60 71 1
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75 76 1
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77 79 1
77 80 1
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87 89 1
89 90 1
91 92 1
91 93 1
[ pairs ]
; ai aj funct c0 c1 c2 c3
1 8 1
1 9 1
1 10 1
1 23 1
1 24 1
2 6 1
2 7 1
2 22 1
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3 7 1
3 22 1
4 6 1
4 7 1
4 22 1
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5 13 1
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7 12 1
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7 17 1
7 23 1
7 24 1
8 11 1
8 13 1
8 22 1
9 11 1
9 13 1
9 22 1
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10 19 1
10 22 1
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11 17 1
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13 20 1
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14 19 1
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16 20 1
17 21 1
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29 34 1
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31 42 1
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34 41 1
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35 40 1
36 39 1
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37 41 1
39 41 1
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42 48 1
42 56 1
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43 46 1
44 49 1
44 50 1
44 52 1
44 57 1
44 58 1
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45 48 1
45 56 1
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46 53 1
46 54 1
46 55 1
46 59 1
46 60 1
47 49 1
47 50 1
47 52 1
47 57 1
47 58 1
48 57 1
48 58 1
49 51 1
49 53 1
49 54 1
49 55 1
49 56 1
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50 54 1
50 55 1
50 56 1
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56 62 1
56 71 1
57 59 1
57 60 1
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58 64 1
58 65 1
58 72 1
58 73 1
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59 62 1
59 71 1
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60 67 1
60 68 1
60 74 1
60 75 1
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61 64 1
61 65 1
61 72 1
61 73 1
62 69 1
62 70 1
62 72 1
62 73 1
63 66 1
63 67 1
63 68 1
63 71 1
64 66 1
64 67 1
64 68 1
64 71 1
65 71 1
66 69 1
66 70 1
67 69 1
67 70 1
71 76 1
71 77 1
71 91 1
72 74 1
72 75 1
73 78 1
73 79 1
73 80 1
73 92 1
73 93 1
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74 77 1
74 91 1
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75 83 1
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76 79 1
76 80 1
76 92 1
76 93 1
77 82 1
77 84 1
77 85 1
77 87 1
77 92 1
77 93 1
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78 83 1
78 91 1
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79 83 1
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80 89 1
80 91 1
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81 90 1
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82 86 1
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83 85 1
83 90 1
84 88 1
84 89 1
85 88 1
86 87 1
86 90 1
88 90 1
[ angles ]
; ai aj ak funct c0 c1 c2 c3
2 1 3 1
2 1 4 1
2 1 5 1
3 1 4 1
3 1 5 1
4 1 5 1
1 5 6 1
1 5 7 1
1 5 22 1
6 5 7 1
6 5 22 1
7 5 22 1
5 7 8 1
5 7 9 1
5 7 10 1
8 7 9 1
8 7 10 1
9 7 10 1
7 10 11 1
7 10 13 1
11 10 13 1
10 11 12 1
10 11 15 1
12 11 15 1
10 13 14 1
10 13 17 1
14 13 17 1
11 15 16 1
11 15 19 1
16 15 19 1
13 17 18 1
13 17 19 1
18 17 19 1
15 19 17 1
15 19 20 1
17 19 20 1
19 20 21 1
5 22 23 1
5 22 24 1
23 22 24 1
22 24 25 1
22 24 26 1
25 24 26 1
24 26 27 1
24 26 28 1
24 26 42 1
27 26 28 1
27 26 42 1
28 26 42 1
26 28 29 1
26 28 30 1
26 28 31 1
29 28 30 1
29 28 31 1
30 28 31 1
28 31 32 1
28 31 34 1
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31 32 36 1
33 32 36 1
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31 34 38 1
35 34 38 1
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32 36 40 1
37 36 40 1
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34 38 40 1
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26 42 44 1
43 42 44 1
42 44 45 1
42 44 46 1
45 44 46 1
44 46 47 1
44 46 48 1
44 46 56 1
47 46 48 1
47 46 56 1
48 46 56 1
46 48 49 1
46 48 50 1
46 48 52 1
49 48 50 1
49 48 52 1
50 48 52 1
48 50 51 1
48 52 53 1
48 52 54 1
48 52 55 1
53 52 54 1
53 52 55 1
54 52 55 1
46 56 57 1
46 56 58 1
57 56 58 1
56 58 59 1
56 58 60 1
59 58 60 1
58 60 61 1
58 60 62 1
58 60 71 1
61 60 62 1
61 60 71 1
62 60 71 1
60 62 63 1
60 62 64 1
60 62 65 1
63 62 64 1
63 62 65 1
64 62 65 1
62 65 66 1
62 65 67 1
62 65 68 1
66 65 67 1
66 65 68 1
67 65 68 1
65 68 69 1
65 68 70 1
69 68 70 1
60 71 72 1
60 71 73 1
72 71 73 1
71 73 74 1
71 73 75 1
74 73 75 1
73 75 76 1
73 75 77 1
73 75 91 1
76 75 77 1
76 75 91 1
77 75 91 1
75 77 78 1
75 77 79 1
75 77 80 1
78 77 79 1
78 77 80 1
79 77 80 1
77 80 81 1
77 80 83 1
81 80 83 1
80 81 82 1
80 81 85 1
82 81 85 1
80 83 84 1
80 83 87 1
84 83 87 1
81 85 86 1
81 85 89 1
86 85 89 1
83 87 88 1
83 87 89 1
88 87 89 1
85 89 87 1
85 89 90 1
87 89 90 1
75 91 92 1
75 91 93 1
92 91 93 1
[ dihedrals ]
; ai aj ak al funct c0 c1 c2 c3 c4 c5
2 1 5 6 3
2 1 5 7 3
2 1 5 22 3
3 1 5 6 3
3 1 5 7 3
3 1 5 22 3
4 1 5 6 3
4 1 5 7 3
4 1 5 22 3
1 5 7 8 3
1 5 7 9 3
1 5 7 10 3
6 5 7 8 3
6 5 7 9 3
6 5 7 10 3
22 5 7 8 3
22 5 7 9 3
22 5 7 10 3
1 5 22 23 3
1 5 22 24 3
6 5 22 23 3
6 5 22 24 3
7 5 22 23 3
7 5 22 24 3
5 7 10 11 3
5 7 10 13 3
8 7 10 11 3
8 7 10 13 3
9 7 10 11 3
9 7 10 13 3
7 10 11 12 3
7 10 11 15 3
13 10 11 12 3
13 10 11 15 3
7 10 13 14 3
7 10 13 17 3
11 10 13 14 3
11 10 13 17 3
10 11 15 16 3
10 11 15 19 3
12 11 15 16 3
12 11 15 19 3
10 13 17 18 3
10 13 17 19 3
14 13 17 18 3
14 13 17 19 3
11 15 19 17 3
11 15 19 20 3
16 15 19 17 3
16 15 19 20 3
13 17 19 15 3
13 17 19 20 3
18 17 19 15 3
18 17 19 20 3
15 19 20 21 3
17 19 20 21 3
5 22 24 25 3
5 22 24 26 3
23 22 24 25 3
23 22 24 26 3
22 24 26 27 3
22 24 26 28 3
22 24 26 42 3
25 24 26 27 3
25 24 26 28 3
25 24 26 42 3
24 26 28 29 3
24 26 28 30 3
24 26 28 31 3
27 26 28 29 3
27 26 28 30 3
27 26 28 31 3
42 26 28 29 3
42 26 28 30 3
42 26 28 31 3
24 26 42 43 3
24 26 42 44 3
27 26 42 43 3
27 26 42 44 3
28 26 42 43 3
28 26 42 44 3
26 28 31 32 3
26 28 31 34 3
29 28 31 32 3
29 28 31 34 3
30 28 31 32 3
30 28 31 34 3
28 31 32 33 3
28 31 32 36 3
34 31 32 33 3
34 31 32 36 3
28 31 34 35 3
28 31 34 38 3
32 31 34 35 3
32 31 34 38 3
31 32 36 37 3
31 32 36 40 3
33 32 36 37 3
33 32 36 40 3
31 34 38 39 3
31 34 38 40 3
35 34 38 39 3
35 34 38 40 3
32 36 40 38 3
32 36 40 41 3
37 36 40 38 3
37 36 40 41 3
34 38 40 36 3
34 38 40 41 3
39 38 40 36 3
39 38 40 41 3
26 42 44 45 3
26 42 44 46 3
43 42 44 45 3
43 42 44 46 3
42 44 46 47 3
42 44 46 48 3
42 44 46 56 3
45 44 46 47 3
45 44 46 48 3
45 44 46 56 3
44 46 48 50 3 dih_SER_THR_chi1_N_C_C_O
56 46 48 50 3 dih_SER_THR_chi1_CO_C_C_O
44 46 48 49 3
44 46 48 52 3
47 46 48 49 3
47 46 48 50 3
47 46 48 52 3
56 46 48 49 3
56 46 48 52 3
44 46 56 57 3
44 46 56 58 3
47 46 56 57 3
47 46 56 58 3
48 46 56 57 3
48 46 56 58 3
46 48 50 51 3 dih_SER_THR_chi2_C_C_OH_HO
49 48 50 51 3
52 48 50 51 3
46 48 52 53 3
46 48 52 54 3
46 48 52 55 3
49 48 52 53 3
49 48 52 54 3
49 48 52 55 3
50 48 52 53 3
50 48 52 54 3
50 48 52 55 3
46 56 58 59 3
46 56 58 60 3
57 56 58 59 3
57 56 58 60 3
56 58 60 61 3
56 58 60 62 3
56 58 60 71 3
59 58 60 61 3
59 58 60 62 3
59 58 60 71 3
58 60 62 65 3 dih_GLU_chi1_N_C_C_C
71 60 62 65 3 dih_GLU_chi1_C_C_C_CO
58 60 62 63 3
58 60 62 64 3
61 60 62 63 3
61 60 62 64 3
61 60 62 65 3
71 60 62 63 3
71 60 62 64 3
58 60 71 72 3
58 60 71 73 3
61 60 71 72 3
61 60 71 73 3
62 60 71 72 3
62 60 71 73 3
60 62 65 66 3
60 62 65 67 3
60 62 65 68 3
63 62 65 66 3
63 62 65 67 3
63 62 65 68 3
64 62 65 66 3
64 62 65 67 3
64 62 65 68 3
62 65 68 69 3
62 65 68 70 3
66 65 68 69 3
66 65 68 70 3
67 65 68 69 3
67 65 68 70 3
60 71 73 74 3
60 71 73 75 3
72 71 73 74 3
72 71 73 75 3
71 73 75 76 3
71 73 75 77 3
71 73 75 91 3
74 73 75 76 3
74 73 75 77 3
74 73 75 91 3
73 75 77 78 3
73 75 77 79 3
73 75 77 80 3
76 75 77 78 3
76 75 77 79 3
76 75 77 80 3
91 75 77 78 3
91 75 77 79 3
91 75 77 80 3
73 75 91 92 3
73 75 91 93 3
76 75 91 92 3
76 75 91 93 3
77 75 91 92 3
77 75 91 93 3
75 77 80 81 3
75 77 80 83 3
78 77 80 81 3
78 77 80 83 3
79 77 80 81 3
79 77 80 83 3
77 80 81 82 3
77 80 81 85 3
83 80 81 82 3
83 80 81 85 3
77 80 83 84 3
77 80 83 87 3
81 80 83 84 3
81 80 83 87 3
80 81 85 86 3
80 81 85 89 3
82 81 85 86 3
82 81 85 89 3
80 83 87 88 3
80 83 87 89 3
84 83 87 88 3
84 83 87 89 3
81 85 89 87 3
81 85 89 90 3
86 85 89 87 3
86 85 89 90 3
83 87 89 85 3
83 87 89 90 3
88 87 89 85 3
88 87 89 90 3
[ dihedrals ]
; ai aj ak al funct c0 c1 c2 c3
5 24 22 23 1 improper_O_C_X_Y
7 10 13 11 1 improper_Z_CA_X_Y
10 15 11 12 1 improper_Z_CA_X_Y
10 17 13 14 1 improper_Z_CA_X_Y
11 19 15 16 1 improper_Z_CA_X_Y
13 19 17 18 1 improper_Z_CA_X_Y
15 17 19 20 1 improper_Z_CA_X_Y
22 26 24 25 1 improper_Z_N_X_Y
26 44 42 43 1 improper_O_C_X_Y
28 31 34 32 1 improper_Z_CA_X_Y
31 36 32 33 1 improper_Z_CA_X_Y
31 38 34 35 1 improper_Z_CA_X_Y
32 40 36 37 1 improper_Z_CA_X_Y
34 40 38 39 1 improper_Z_CA_X_Y
36 38 40 41 1 improper_Z_CA_X_Y
42 46 44 45 1 improper_Z_N_X_Y
46 58 56 57 1 improper_O_C_X_Y
56 60 58 59 1 improper_Z_N_X_Y
60 73 71 72 1 improper_O_C_X_Y
65 69 68 70 1 improper_O_C_X_Y
71 75 73 74 1 improper_Z_N_X_Y
75 92 91 93 1 improper_O_C_X_Y
77 80 83 81 1 improper_Z_CA_X_Y
80 85 81 82 1 improper_Z_CA_X_Y
80 87 83 84 1 improper_Z_CA_X_Y
81 89 85 86 1 improper_Z_CA_X_Y
83 89 87 88 1 improper_Z_CA_X_Y
85 87 89 90 1 improper_Z_CA_X_Y
; Include Position restraint file
#ifdef POSRES
#include "posre.itp"
#endif
; Include water topology
#include "oplsaa.ff/spce.itp"
; Include topology for ions
#include "oplsaa.ff/ions.itp"
[ system ]
; Name
Protein in water
[ molecules ]
; Compound #mols
Protein_chain_A 24
SOL 23473
NA 24
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发表于 Post on 2022-1-13 13:17:57
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