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[综合交流] 求助MOF(COF)孔道结构图绘制

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各位老师好,目前想绘制一COF结构的孔道结构图,需要清晰表示出孔道内部大小得变化。查阅文献,见到下面图片

请问老师,这种图可以用什么方法,软件制作?谢谢。

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发表于 Post on 2022-1-15 06:54:09 | 只看该作者 Only view this author
看此文
使用Multiwfn计算晶体结构中自由区域的体积、图形化展现自由区域
http://sobereva.com/617http://bbs.keinsci.com/thread-25241-1-1.html

按上文在VMD里画出来孔洞区域后,在VMD程序里可以用Visualization - Clipping plane tool对视角进行任意切割
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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发表于 Post on 2022-1-14 21:35:01 | 只看该作者 Only view this author
IamHK 发表于 2022-1-14 11:18
卢老师有帖子怎么做自由体积,就是不清楚怎么像他这个图一样沿着不同位置切开,展示孔洞内部细节。

导出cube文件到VMD里切开看

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-1-14 11:18:18 | 只看该作者 Only view this author
ABetaCarw 发表于 2022-1-14 11:02
看着感觉就是把COF拿过来做了一下自由体积图

卢老师有帖子怎么做自由体积,就是不清楚怎么像他这个图一样沿着不同位置切开,展示孔洞内部细节。

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发表于 Post on 2022-1-14 11:02:27 | 只看该作者 Only view this author
看着感觉就是把COF拿过来做了一下自由体积图
恍惚月余,深谙人与人之间的差距。以后还应努力学习,才能与强者比肩。

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