实验室采购集群配置请教

yaohaozhe · 发表于 Post on 2022-1-26 17:13:43

本帖最后由 yaohaozhe 于 2022-1-26 17:28 编辑

实验室最近计划采购一个小集群，预算含税20w，主要做分子虚筛和动力学模拟，未来预期可能会有设计机器学习和深度学习，需要满足这部分需求。
node1是已有的一台主机，塔式的，这一次就想买机箱装进去即可，加一块infiniband网卡编入集群。node2~3不含GPU，node4~5含GPU，node00承担了任务提交和存储的功能。
预期设计含一块infiniband8口交换机，洋垃圾。主板自带的千兆网用来承担指令和外部数据传输。
整合sob大神给的配置，自己写的，供货商粗略报价。

infiniband之前从没有用过，不知道水多深，看板上大佬说还要license，供货商跟我说不需要，就有点迷。还请大佬们审核一下，有无问题，叩谢大佬们！

abin · 发表于 Post on 2022-1-28 17:02:29

上面应该已经有提及。
如果涉及使用多机器多核心并行，
IB网络是必备的。
对于这种场景，还要考虑是否配备相应的I/O设备。

如果不涉及多机器并行计算，
任何并行都是单机多核心并行，
如果I/O做本地负载，
那么普通网络都可以搞定。
但是涉及通过网络读写，
就是计算节点无系统盘，或者无I/O设备，
那么需要借助IB网络做读写。
做配置的时候，要留意读写能否跟上需求。

当然是越快越好，问题是，你的预算够不够。

NVMe四个做RAID实现高速缓存，很不错。
但是普通的卡不支持的。

业余的技术会告诉你，
用RAID5，SATA3.0 是650MB/s。
你用11个盘组阵列，
不就是6.5GB/a了吗？
哈哈哈哈哈，你让这种技术去死吧。

biogon · 发表于 Post on 2022-1-28 15:19:10

本帖最后由 biogon 于 2022-1-28 15:22 编辑

yaohaozhe 发表于 2022-1-27 16:07
谢谢老师，已根据您的意见修改。之前想的省省钱的，就把网卡也降档了，看来不能省

想省钱用不到200的hpe 544flr呗，和cx354a bcbt一样是56g的ib卡，比cx354a bcct便宜多了

abin · 发表于 Post on 2022-1-28 14:26:03

yaohaozhe 发表于 2022-1-28 13:10
哎，我也想找个公司拉倒，那个包方案的公司特别贵，老板又不想从他那采购。只能是自己干了，还有时间，一 ...

淘宝上的报价, 大概是
5000+ 200 x 机器数.

如果包含IB网络配置, 纯IB直通,
5000 + 500 x 机器数.

如果包含上门, + 3000元.

以上是淘宝上一个公司的报价.

如果你有技能,
可以使用我的工具, 自己搭建.
我写的工具, 基本是按顺序执行即可. 前提是自己把所有机器配置到一个局域网.
具体查看签名链接.

另, 至少十多万的设备, 通过适当的技术, 改造为专用的计算平台,
你认为, 这个改造技术需要多少费用?
如果花500元能把价值10万的设备变成专用计算平台, 你是不是觉得这个技术本身就不靠谱?

yaohaozhe · 发表于 Post on 2022-1-28 13:10:36

abin 发表于 2022-1-27 18:29
哎
12Gbps, 是SAS盘接口
6Gbps，是SATA 3.0 的理论上限。

哎，我也想找个公司拉倒，那个包方案的公司特别贵，老板又不想从他那采购。只能是自己干了，还有时间，一点一点改把，实在是太感谢老师您了

abin · 发表于 Post on 2022-1-27 18:29:55

yaohaozhe 发表于 2022-1-27 16:08
谢谢老师，参数上号称是12gb/s

哎
12Gbps, 是SAS盘接口
6Gbps，是SATA 3.0 的理论上限。
6Gbps 实际写上限不到？650MB/s。

你如果实在搞不定的话，找个靠谱的公司协助你处理吧。
单机工作站好摆弄，
集群，如果配置不当，短板效应折腾死你。

yaohaozhe · 发表于 Post on 2022-1-27 16:08:14

abin 发表于 2022-1-27 13:26
你问问卖家呀,
这个阵列卡, 理论读写上限是多少呀?

谢谢老师，参数上号称是12gb/s

yaohaozhe · 发表于 Post on 2022-1-27 16:07:21

biogon 发表于 2022-1-27 14:23
都说了不要用is5022不明白吗，用sx60xx的56g交换机

谢谢老师，已根据您的意见修改。之前想的省省钱的，就把网卡也降档了，看来不能省

biogon · 发表于 Post on 2022-1-27 14:23:00

yaohaozhe 发表于 2022-1-27 09:38
谢谢您，这一块您能再给点建议吗，ib这块我真的不懂，咋破呀。老板就给了个采购任务，我实在是怕给他搞了 ...

都说了不要用is5022不明白吗，用sx60xx的56g交换机

abin · 发表于 Post on 2022-1-27 13:26:25

yaohaozhe 发表于 2022-1-27 12:40
老师，您看我这个更改可以吗？加个硬raid卡，组raid5，2Tnvme固态，这样瓶颈还会很严重吗？
我这就去翻 ...

你问问卖家呀,
这个阵列卡, 理论读写上限是多少呀?

好几个月前,
一个网友找我, 问链接的高性能I/O方案,
我推荐的是, HighPoint RAID卡, 安装4个NVMe 1 TB固态. RAID0, 读写可以做到4GB/s.

方案灵活多样,
我不卖硬件, 只能给你提供大体的配置方案, 你自己实施或者让卖家实施.

yaohaozhe · 发表于 Post on 2022-1-27 12:40:21

abin 发表于 2022-1-27 11:54
去B站翻我的动态，
有一款12端口的IB交换机。
有没有货，就不晓得了。

老师，您看我这个更改可以吗？加个硬raid卡，组raid5，2Tnvme固态，这样瓶颈还会很严重吗？

我这就去翻您的视频，谢谢老师了

abin · 发表于 Post on 2022-1-27 11:54:56

本帖最后由 abin 于 2022-1-27 13:23 编辑

去B站翻我的动态，
有一款12端口的IB交换机。
有没有货，就不晓得了。

基础的局域网互联，不需要额外的授权。

56 Gbps IB网络，
工作在以太网模式，就是40 Gbps。
注意，这种网卡，
至少需要PCIe 3.0 x8接口。

更新一下,
当时的信息内容是:
abbottcn
2021-04-14 14:08
6.0微EAbPXcLy4zh！ https://m.tb.cn/h.4LmC577?sm=45b339 40G以太网卡/56G IB网卡/Mellanox MCX353A-FCBT FCCT MCX354A 买两个卡，两个模块，一条线，双机做VASP并行计算，会爽歪歪的。

有没有货, 不清楚.

IB交换机, 很少有8端口, 12端口的货品.

yaohaozhe · 发表于 Post on 2022-1-27 09:38:58

本帖最后由 yaohaozhe 于 2022-1-27 12:43 编辑

biogon 发表于 2022-1-26 21:08
is5022什么破烂玩意也报价3000,现在全都是N手的,一般也就卖1000,而且这玩意是40g的,配个56g的卡简直是浪费, ...

谢谢您，这一块您能再给点建议吗，ib这块我真的不懂，咋破呀。老板就给了个采购任务，我实在是怕给他搞了一堆铁疙瘩回去————————————————————————————————————
更新：
又联系了一家，给了这个价格，便宜了近一半，我再去研究研究abin老师的视频去

yaohaozhe · 发表于 Post on 2022-1-27 09:37:02

abin 发表于 2022-1-26 19:13
我之前给你的回复, 估计你没有仔细看.

当前配置中, 本地的读写空间少, 规格太低;

谢谢老师，我看了您的建议，可能还是没有彻底领会您的意思，我再研究研究，太感谢您了。

biogon · 发表于 Post on 2022-1-26 21:08:30

本帖最后由 biogon 于 2022-1-26 21:10 编辑

is5022什么破烂玩意也报价3000,现在全都是N手的,一般也就卖1000,而且这玩意是40g的,配个56g的卡简直是浪费,起码得买56g的sx6012 15 25 36之类的
ib的lic随便就能破解,不是什么障碍

abin · 发表于 Post on 2022-1-26 19:13:27

我之前给你的回复, 估计你没有仔细看.

当前配置中, 本地的读写空间少, 规格太低;
如果通过IB网络使用管理节点存储, 那么你的RAID阵列读写性能太差劲,
会严重拖慢IB网络.

如果所有的多机器并行读写, 都在内存内能完成.
存储规格就无所谓了.

IB交换机是否需要额外的授权,
取决于功能模块. 具体咨询售前技术咨询.

另, 如需基于当前硬件的更优的集群配置实施方案, 请联系我.
我实在懒得打字.

或者你可以B站查询abbottcn的视频, 自信调整集群方案.

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