求助：GROMACS中如何把能量单位从焦耳转换成KJ/mol？

DeductionV · 发表于 Post on 2022-2-10 17:19:44

我想利用gro文件中的速度信息计算出部分原子的动能，也就是用1/2mv^2这个公式，这样求出来的单位是焦耳（已经把速度化成国际单位），想进一步把它转化成KJ/mol，但是不清楚他们之间的转化关系。
于是我进行了尝试，对于纯水的体系，我用gmx energy读出体系的动能E1（单位是KJ/mol）又用E2=1/2mv^2进行验证，发现二者不相等
我的转化方式是先把E2化成国际单位焦耳，然后计算E2*NA/1000
不知道哪里错了，希望各位老师指教

DeductionV · 发表于 Post on 2022-2-11 15:30:38

sobereva 发表于 2022-2-11 15:18
我没时间细看，可以直接去看gmx源代码找里面对应gmx traj -ekt的计算公式

好的，感谢sob老师！

sobereva · 发表于 Post on 2022-2-11 15:18:39

我没时间细看，可以直接去看gmx源代码找里面对应gmx traj -ekt的计算公式

DeductionV · 发表于 Post on 2022-2-11 09:10:26

@sobereva 感谢sob老师在另一篇帖子中给我的回复！因为我还有后续的相关问题，所以想在此向您继续请教！

您在另一篇帖子回复说：“J为单位的数值除以1000再除以阿伏伽德罗常数就是”
所以我把公式改为E2/(1000*NA) 但是结果还是不一样
我测试计算的体系是300K下，10368个水分子(TIP4P)
之前用  E2*NA/1000  算出来的是 18636 KJ/mol
改用这个式子  E2/(1000*NA)  算出来的是 5.14*10^(-44) KJ/mol
用gmx energy 算出来的动能是 77200 KJ/mol
用gmx traj -ekt 算出来的是  4.43*10^(-4) KJ/mol

我不知道是哪里的原因，另外gmx energy 算动能跟gmx traj -ekt 的区别是什么呢？是整体动能和各个组的动能的差别吗，如果是这样那么对于纯水的体系二者不应该相同吗？希望老师赐教

DeductionV · 发表于 Post on 2022-2-10 19:41:16

本帖最后由 DeductionV 于 2022-2-11 09:10 编辑

wzkchem5 发表于 2022-2-10 18:41
不相等是差多少倍？

大概4-5倍

wzkchem5 · 发表于 Post on 2022-2-10 18:41:50

不相等是差多少倍？

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