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[新手求助] 一个关于单纯的电子云密度计算的问题,悬赏3000,请老师看下

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本帖最后由 lxchemo 于 2022-2-18 14:07 编辑

我是一个硕士生,写毕业论文,其中遇到一个单纯的计算电子云密度的问题,问题难度应该不算大,想要寻求一个解决方案,并不需要提供特别大的计算量。看看有没有老师愿意帮助我?我只是一个学生,太多的也拿不出,3000也不足以聊表谢意,只是这样比较有意思一点,不是吗?如果老师觉得问题太难,价钱还可以详谈。

请加V:  Chemometrics   

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发表于 Post on 2022-3-10 09:05:00 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2022-3-10 01:44
对于Multiwfn,是这样

谢谢sob老师~

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发表于 Post on 2022-3-10 01:44:34 | 只看该作者 Only view this author
Jerryluo 发表于 2022-3-10 00:03
谢谢老师,我的理解是最终要计算的HOMO,LUMO等轨道的cube文件的每个点的value,就是循环格点空间i,j,k的 ...

对于Multiwfn,是这样
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
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发表于 Post on 2022-3-10 00:03:16 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2022-3-9 20:17

这里的x,y,z不是核坐标,而是当前这个点相对于这个GTF所在的原子核的相对位置
先把这个代码看明白了 ...

谢谢老师,我的理解是最终要计算的HOMO,LUMO等轨道的cube文件的每个点的value,就是循环格点空间i,j,k的每个点,将坐标代入子程序subroutine orbderv(runtype,istart,iend,x,y,z,wfnval,grad)里对应的x,y,z参数所得到的值,不知道这样理解对吗。

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发表于 Post on 2022-3-9 20:17:00 | 只看该作者 Only view this author
Jerryluo 发表于 2022-3-9 19:25
老师好,我看了下该文章《Gaussian型cube文件简介及读、写方法和简单应用》,想请教下,请问cube文件是空 ...


这里的x,y,z不是核坐标,而是当前这个点相对于这个GTF所在的原子核的相对位置
先把这个代码看明白了
利用wfn文件计算电子密度的代码的编写方法
http://sobereva.com/182
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
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发表于 Post on 2022-3-9 19:25:11 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2022-2-18 14:32
Multiwfn里敲几下键盘10秒钟就出来。人*钱多速来

Multiwfn FAQ

老师好,我看了下该文章《Gaussian型cube文件简介及读、写方法和简单应用》,想请教下,请问cube文件是空间函数的值,对于轨道来说(比如HOMO,LUMO轨道),cube文件记录的值value就是波函数的值吗。但是我有个疑惑,高斯波函数GTF = x^l * y^m *z^n * exp(-a/r*2)  的x,y,z对应的应该是相应所属原子核的坐标,那么cube文件格点循环的i,j, k的点应该怎么和这个波函数联系上,因为该高斯波函数好像没有i,j,k变量。换句话说就是每个格点对应的值value具体是怎么算的,谢谢老师。

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-2-20 16:00:34 | 只看该作者 Only view this author
解决问题了,谢谢各位大神

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-2-19 10:01:45 | 只看该作者 Only view this author
具体问题没有那么简单,再教我一点从gauss获得(几十个原子的分子)cube文件的方法,授人以渔,我觉得1000也值了

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发表于 Post on 2022-2-18 21:37:41 | 只看该作者 Only view this author
liyuanhe211 发表于 2022-2-18 14:01
楼主估计根本没见过电子密度的三维分布长什么样,想按有机上瞎说的“这里电子密度高,所以这里先氧化”之 ...

那估计会得出结论说氧原子核处先氧化23333

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Google Scholar: https://scholar.google.com/citations?user=XW6C6eQAAAAJ
ORCID: https://orcid.org/0000-0002-4540-8734
主页:http://www.qitcs.qd.sdu.edu.cn/info/1133/1776.htm
GitHub:https://github.com/wzkchem5
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发表于 Post on 2022-2-18 21:01:11 | 只看该作者 Only view this author
wzkchem5 发表于 2022-2-18 20:29
我觉得大家还是谨慎一点,如果谁都能看出钱太多,没准真不是人傻的问题

楼主估计根本没见过电子密度的三维分布长什么样,想按有机上瞎说的“这里电子密度高,所以这里先氧化”之类的说法找一些化学选择性的依据。真给他电子密度的分布估计也不是他想要的结果。

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发表于 Post on 2022-2-18 20:29:57 | 只看该作者 Only view this author
喵星大佬 发表于 2022-2-18 12:38
妈耶。。。。真人X X多

我觉得大家还是谨慎一点,如果谁都能看出钱太多,没准真不是人傻的问题
Zikuan Wang
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BDF(https://bdf-manual.readthedocs.io/zh_CN/latest/Introduction.html)、ORCA(https://orcaforum.kofo.mpg.de/index.php)开发团队成员
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发表于 Post on 2022-2-18 19:38:51 | 只看该作者 Only view this author
妈耶。。。。真人X X多

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发表于 Post on 2022-2-18 17:08:38 | 只看该作者 Only view this author
还有这种好事?这是要拿到一个电子密度的cub文件吗?

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-2-18 16:10:42 | 只看该作者 Only view this author
加我  需要1000

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-2-18 16:07:46 | 只看该作者 Only view this author
liyuanhe211 发表于 2022-2-18 14:54
1000包作图来呀来呀

加我微信 兄台,不开玩笑

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发表于 Post on 2022-2-18 15:40:45 | 只看该作者 Only view this author
路过.

还以为是,
自己写代码实现之类的事情呢...
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