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[VMD] APBS,沿路经的表面静电势绘制求助

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我用VMD 的插件APBS画的表面静电势,得到了dx文件。因为我做的是离子通道,因此想画一个沿着孔道路径的静电变化曲线图。求解

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发表于 Post on 2022-3-12 06:47:04 | 只看该作者 Only view this author
哈哈加油 发表于 2022-3-4 16:27
老师,我用这个http://www.holeprogram.org能得出孔道沿Z轴的路径,不是像x,y,z这种空间坐标点可以吗

不管什么路径,总能以一系列点的连接来表示,每个点自然都有(x,y,z)坐标
就算是有的程序把孔道通过等值面形式展现出来,原理上也可以提取孔道最中央的一条轨迹出来
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-3-4 16:27:16 | 只看该作者 Only view this author

老师,我用这个http://www.holeprogram.org能得出孔道沿Z轴的路径,不是像x,y,z这种空间坐标点可以吗

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-2-27 13:46:26 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2022-2-26 16:24
你先找个得到孔道的程序,把孔道表现出来,诸如http://www.holeprogram.org。如果程序能给出一个代表性的 ...

好的,谢谢老师

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发表于 Post on 2022-2-26 16:24:28 | 只看该作者 Only view this author
哈哈加油 发表于 2022-2-26 15:54
首先是路径的确定,我的是离子通道,我想延着孔道内部画,不知道怎么确定坐标,另外插值方式看dx文件也不 ...

你先找个得到孔道的程序,把孔道表现出来,诸如http://www.holeprogram.org。如果程序能给出一个代表性的路径坐标就用(比如体现孔道的轴的坐标),不能的话尝试其它程序或者自己写程序得到。

如果.dx文件记录了整个蛋白质各个位置的静电势,把Multiwfn的settings.ini里iuserfunc设-3,启动Multiwfn,载入.dx文件。进主功能5,选择User-defined function(此时此函数对应于基于载入的格点数据通过B-spline插值的函数),再选100 Load a set of points from external file,载入一个包含路径上各个点坐标的文本文件(格式在Multiwfn手册3.6节靠后部分说了),就能把这些点的静电势都给算出来并返回。之后作 静电势vs路径坐标 的曲线图就完了。
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-2-26 15:54:18 | 只看该作者 Only view this author

首先是路径的确定,我的是离子通道,我想延着孔道内部画,不知道怎么确定坐标,另外插值方式看dx文件也不明白。希望老师讲解一下,麻烦您了。

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发表于 Post on 2022-2-26 00:05:57 | 只看该作者 Only view this author
哈哈加油 发表于 2022-2-25 23:51
谢谢您的回答,但是我还是一头雾水,能请教一下具体的操作步骤吗?

说具体哪里不懂
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-2-25 23:51:07 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2022-2-20 22:04
把路径上各个点的坐标得到,通过插值方式基于dx里的静电势格点数据得到各个点的静电势

谢谢您的回答,但是我还是一头雾水,能请教一下具体的操作步骤吗?

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-2-25 22:15:17 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2022-2-20 22:04
把路径上各个点的坐标得到,通过插值方式基于dx里的静电势格点数据得到各个点的静电势

方便留个联系方式吗?我想具体问一下

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发表于 Post on 2022-2-20 22:04:09 | 只看该作者 Only view this author
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