求助 grompp报错

cq526611 · 发表于 Post on 2022-2-21 14:21:00

ERROR 1 [file topol.top, line 9]:
Atoms in the .top are not numbered consecutively from 1 (rather, atomnr =
1, while at->nr = 28)

dadapeng · 发表于 Post on 2024-8-23 20:57:50

LWM 发表于 2023-8-29 11:26
请问楼主最后是怎么解决这个问题的？我最近也遇到同样的问题。

你好，我最近也遇到了这个报错，最后发现是因为我的某个.itp里没有[moleculetype]，加上之后就好了。希望能帮到你。

chelleliliu · 发表于 Post on 2023-12-1 17:58:45

LWM 发表于 2023-8-29 11:26
请问楼主最后是怎么解决这个问题的？我最近也遇到同样的问题。

你好请问您解决这个问题了吗？求教

LWM · 发表于 Post on 2023-8-29 11:26:03

请问楼主最后是怎么解决这个问题的？我最近也遇到同样的问题。

zhouyi · 发表于 Post on 2023-5-4 17:01:57

wangyu-0818 发表于 2023-5-2 20:36
您好，请问您是怎么解决的呢？我最近也遇到了同样的问题

Atoms in the .top are not numbered consecuti ...

你好，在这个报错信息前一行应该还有一个中括号内容，里面会告诉你是哪个文件的第几行出现问题，可以仔细检查目标行和前几行之间的顺序是否从1开始顺序增加，如果不是顺序增加比如1245这样子就会出现这个报错

wangyu-0818 · 发表于 Post on 2023-5-2 20:36:53

您好，请问您是怎么解决的呢？我最近也遇到了同样的问题

Atoms in the .top are not numbered consecutively from 1 (rather, atomnr =
1, while at->nr = 3)

sobereva · 发表于 Post on 2023-3-14 22:55:36

ys_song 发表于 2023-3-14 22:31
看了半天才明白，sob主把我当成发帖人了。。。
抱歉头像默认的没有改，造成了误导。
去头像修改区逛了 ...

要是好解决早就解决了这要冒着把论坛搞坏的风险

ys_song · 发表于 Post on 2023-3-14 22:31:15

sobereva 发表于 2022-2-21 20:00
有别人回复之前若需要对帖子进行修改、补充，应直接编辑原帖，不要通过回帖进行补充，这点在置顶的新社员 ...

看了半天才明白，sob主把我当成发帖人了。。。
抱歉头像默认的没有改，造成了误导。
去头像修改区逛了下，发现提示： “如果看不到下面的按钮，请换成支持flash的浏览器再试”，这个有时间升级下吧，flash过时了。

sobereva · 发表于 Post on 2022-2-21 20:00:13

ys_song 发表于 2022-2-21 16:06
最后部分:
[ moleculetype ]
; Name nrexcl

有别人回复之前若需要对帖子进行修改、补充，应直接编辑原帖，不要通过回帖进行补充，这点在置顶的新社员必读贴里明确说了。

[ moleculetype ]
; Name nrexcl
;PDB 3
这部分莫名其妙，都没定义分子名

ys_song · 发表于 Post on 2022-2-21 16:06:11

最后部分:
[ moleculetype ]
; Name nrexcl
PDB 3
SOL 661
应该是[ molecules ]
不清楚还有没有其他错误。

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