分析中的问题

XYwinne · 发表于 Post on 2016-3-7 17:50:22

能正常跑完gromacs，但是后面分析的时候多次出现There were 632 inconsistent shifts. Check your topology.
请教大神原因是什么？

XYwinne · 发表于 Post on 2016-3-21 18:59:58

kunkun 发表于 2016-3-21 17:25
恩我smooth轨迹的时候也是，分析的时候感觉没什么影响。。

我的氢键不能分析，说是体系shrunk too much，其他的也都没什么问题，除了一直出现这个，但能得到分析结果。

kunkun · 发表于 Post on 2016-3-21 17:25:13

XYwinne 发表于 2016-3-19 12:26
研究了很久，应该是-pbc的问题，用x2top生成基底的力场，如果使用-nopbc就不会这样！

恩我smooth轨迹的时候也是，分析的时候感觉没什么影响。。

XYwinne · 发表于 Post on 2016-3-19 12:26:05

mol 发表于 2016-3-7 22:40
你可以把你的模型传上来给大家看看

研究了很久，应该是-pbc的问题，用x2top生成基底的力场，如果使用-nopbc就不会这样！

mol · 发表于 Post on 2016-3-7 22:40:45

你可以把你的模型传上来给大家看看

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[GROMACS] 分析中的问题