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[GROMACS] 求助:用TI算绝对结合自由能时,怎么优化lambda附近的窗口设置

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本帖最后由 王家小姐 于 2022-2-28 22:01 编辑

各位老师同学,我通过gromacs软件计算小分子药物溶剂化自由能时,得到了如下3张图:重叠分布图、重叠矩阵和〈∂U/∂λ〉-λ图,从重叠矩阵可以看出窗口2(λ=0.1)和8(λ=0.8)与其相邻窗口重叠度不够。在这里想向各位大神请教两个问题:第一个问题,第2个窗口(λ=0.1)如果增加窗口的话,是增加λ=0.05,还是增加λ=0.15,还是λ=0.05;λ=0.15同时加呢?
第二个问题,对于第8个窗口(λ=0.8),它前一个(λ=0.7)和后一个(λ=0.9)重叠度都较高,这种情况下lambda值是应该取的更密一些还是把λ=0.8去掉呢?
第三个问题,改变窗口设置后是重新跑一次,还是基于以前的tpr文件用rerun算能量呢?
请各位老师同学指教,不胜欣喜



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