吸附能计算时初始构型的距离如何确定？

Daisy_zju

大家好，本人最近在做金属表面多种小分子的吸附能计算，因为一次偶然设置错了距离，对比结果发现：以top位为例，初始金属原子和吸附分子的作用原子的距离如果不同，吸附能结果也会有明显的差别（这点也很好理解），看到之前有帖子讨论，一个是sob老师说不用过度纠结于初始构型的高度，一个是如果距离过近会限制被吸附分子的运动，因此应当适当高些，那么这个距离理想情况应该如何选取呢？在我的计算里，之前的初结构的距离借鉴了Learn vasp the hard way教程，即①top位点:原子共价半径之和 - 0.2A, bri:top位点 - 0.1A, hcp和fcc位点:bri位点 - 0.1A，偶然设置的情况下②top位比共价半径之和大0.2A左右，bri和hcp依次减少0.1A，那么这两个的哪种情况才算合理的吸附能呢？

Daisy_zju

sobereva 发表于 2022-3-2 04:04
没必要对高度那么较真，本来优化的时候就会自动调整，一开始放得太近会自发变远，一开始放得稍远会自发接近 ...

我知道了，谢谢sob老师！

sobereva

没必要对高度那么较真，本来优化的时候就会自动调整，一开始放得太近会自发变远，一开始放得稍远会自发接近。
不要光关注高度，也要看平行于表面放置的位置；吸附状态可能有不同极小点，自然可能最终优化得到的结构受初猜影响。
不确定怎么放可以多摆几种，或者跑AIMD，取其中的一些差异较大、有代表性的帧当做初猜依次优化

Daisy_zju

leeru 发表于 2022-3-1 20:40
建议跑MD模拟到平衡，这样再计算吸附能，就应该与初始距离和构想没有关系了

这个体系MD没有合适的力场，不知道AIMD可以嘛？

leeru

建议跑MD模拟到平衡，这样再计算吸附能，就应该与初始距离和构想没有关系了