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[新手求助] 此文献中分子结MO计算是否合理?

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    一篇有关分子结的文献(Jia, C. C. et al. Covalently bonded single-molecule junctions with stable and reversible photoswitched conductivity. Science 352, 1443-1445, doi:10.1126/science.aaf6298 (2016). )中对分子(图1a)的HOMO/LUMO进行了计算(图1c),用的是PBE0, M06 2X, M11, CAM B3LYP等泛函加上6-311++g (3df, 3pd)基组。
    学生有两个疑问:1 图1中的分子是与石墨烯的末端的两个羧基通过酰胺键相连的。而文献中仅对分子进行了计算,而并未考虑基底、石墨烯(图2)和它的相互作用。请问这样能保证结果正确吗?   2 文献中使用的基组6-311++g(3df, 3pd)合适吗?
    十分感谢各位大佬!


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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-3-3 09:10:36 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2022-3-2 20:37
6-311++g(3df, 3pd)是极度丑陋的基组,缺乏基组常识的人才会用这个
6-311g(3df,3pd)比def2-TZVPP更贵结果 ...

谢谢卢老师!

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发表于 Post on 2022-3-2 20:37:23 | 只看该作者 Only view this author
6-311++g(3df, 3pd)是极度丑陋的基组,缺乏基组常识的人才会用这个
6-311g(3df,3pd)比def2-TZVPP更贵结果还更差,毫无使用价值。当前研究根本没必要加弥散,而且还把通常很没意义的氢的弥散加了,更是瞎浪费计算时间,仔细看
谈谈弥散函数和“月份”基组
http://sobereva.com/119

基组该用什么看
谈谈量子化学中基组的选择
http://sobereva.com/336http://bbs.keinsci.com/thread-3545-1-1.html

文中瞎用一堆泛函也没什么意义。M11算什么都不灵,毫无考虑价值。M06-2X既不适合算轨道能量(gap过度高估)也不适合算电子光谱(磷光除外)
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-3-2 19:09:32 | 只看该作者 Only view this author
wzkchem5 发表于 2022-3-2 19:06
1. 这个计算应该计算的就是单独的分子的HOMO、LUMO。如果考虑石墨烯,那么整个体系的HOMO、LUMO可能都在石 ...

十分感谢

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发表于 Post on 2022-3-2 19:06:00 | 只看该作者 Only view this author
1. 这个计算应该计算的就是单独的分子的HOMO、LUMO。如果考虑石墨烯,那么整个体系的HOMO、LUMO可能都在石墨烯上面,因为石墨烯的gap为零,这样就失去这个计算的意义了。基底、酰胺键可能有少许影响,但大概率没有定性影响,所以假如你是审稿人,你提意见说让作者考虑酰胺键和基底再算一次也是合理的要求,但是如果没有审稿人提这条意见,客观来说作者不算也是可以接受的。
2. 不合适,极化函数和弥散函数加太多了。但是不影响结果的正确性(因为是加太多了而不是加太少了),只是白白浪费了一些机时而已。
BDF(https://bdf-manual.readthedocs.io/zh_CN/latest/Introduction.html)、ORCA(https://orcaforum.kofo.mpg.de/index.php)开发团队成员

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