求助：能否依据不同时间的原子坐标，计算其原子力？

蟹黄宝 · 发表于 Post on 2022-3-2 19:31:59

目前找到一个数据集，包含分子轨迹与能量信息，体系为单个寡聚物分子。然而，该数据集没有原子力信息，所以我想能否依据原子在不同时间下的坐标，来计算加速度，再乘上质量，得到原子力。
分子模拟小白，请大家多多指教！

sobereva · 发表于 Post on 2022-3-3 21:36:12

蟹黄宝发表于 2022-3-3 19:37
社长，详细一点的情况是这样的：
现在已有CAM-B3LYP计算的分子能量和分子坐标数据，没用经验力场的方法 ...

没法算
你必须每个点都用量化程序算受力，比如Gaussian里用force关键词

蟹黄宝 · 发表于 Post on 2022-3-3 19:37:57

sobereva 发表于 2022-3-3 15:44
根本不牵扯能量分解问题
先搞清楚你用的势函数表达式。如果是经典力场的话，根据高数知识就能推出来解析 ...

社长，详细一点的情况是这样的：
现在已有CAM-B3LYP计算的分子能量和分子坐标数据，没用经验力场的方法，但我还想要原子力信息，可以用数值的方式求出来么？只要偏离不太大就行。幸苦社长了！

sobereva · 发表于 Post on 2022-3-3 15:44:05

蟹黄宝发表于 2022-3-3 11:15
请问社长，是直接将分子能量对每个原子核坐标求负梯度，即不需要将分子能量分解到每个原子上吗？

根本不牵扯能量分解问题
先搞清楚你用的势函数表达式。如果是经典力场的话，根据高数知识就能推出来解析梯度公式

蟹黄宝 · 发表于 Post on 2022-3-3 11:15:44

sobereva 发表于 2022-3-2 21:02
思路就明显是错的
有了坐标，并给定了势函数（可以对应分子力场，也对应量子化学或第一性原理计算的电子能 ...

请问社长，是直接将分子能量对每个原子核坐标求负梯度，即不需要将分子能量分解到每个原子上吗？

sobereva · 发表于 Post on 2022-3-2 21:02:29

思路就明显是错的
有了坐标，并给定了势函数（可以对应分子力场，也对应量子化学或第一性原理计算的电子能量），直接就能得到受力，根本不牵扯加速度。原子受力等于势函数对核坐标梯度的负矢量

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[综合交流] 求助：能否依据不同时间的原子坐标，计算其原子力？