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[ORCA] 求助关于NEB功能使用前准备结构文件的问题

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各位老师好,我最近想使用orca的NEB功能进行路径探索,因此准备了反应物文件和底物文件,但是运行时出现报错提示原子顺序不一致,请问各位老师有没有办法快速对应两个文件的原子顺序呢?

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-3-8 23:05:09 | 只看该作者 Only view this author
wzkchem5 发表于 2022-3-8 17:08
linux版需要从源码自己编译,源码在https://github.com/lenkd/avogadro/tree/devAvogadroOrca4.1
我不知 ...

收到,谢谢老师!

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发表于 Post on 2022-3-8 17:08:01 | 只看该作者 Only view this author
溪临昭煌 发表于 2022-3-8 09:45
明白了,谢谢老师指点,请问老师以后会出Linux上匹配ORCA的avogadro软件吗?我在论坛上看匹配ORCA的avoga ...

linux版需要从源码自己编译,源码在https://github.com/lenkd/avogadro/tree/devAvogadroOrca4.1
我不知道有没有linux预编译版
Zikuan Wang
山东大学光学高等研究中心 研究员
BDF(https://bdf-manual.readthedocs.io/zh_CN/latest/Introduction.html)、ORCA(https://orcaforum.kofo.mpg.de/index.php)开发团队成员
Google Scholar: https://scholar.google.com/citations?user=XW6C6eQAAAAJ
ORCID: https://orcid.org/0000-0002-4540-8734
主页:http://www.qitcs.qd.sdu.edu.cn/info/1133/1776.htm
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-3-8 16:45:29 | 只看该作者 Only view this author
wzkchem5 发表于 2022-3-8 15:59
还是装个图形化软件吧,不然你优化出来过渡态怎么作图?chemspider只能给你已知分子的结构(而且你还不知 ...

明白了,谢谢老师指点,请问老师以后会出Linux上匹配ORCA的avogadro软件吗?我在论坛上看匹配ORCA的avogadro只有windows版本

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发表于 Post on 2022-3-8 15:59:09 | 只看该作者 Only view this author
溪临昭煌 发表于 2022-3-8 03:02
老师我是直接用chemspider找的小分子文件

还是装个图形化软件吧,不然你优化出来过渡态怎么作图?chemspider只能给你已知分子的结构(而且你还不知道构象对不对),你早晚是需要装一个图形化软件的。GaussView不是唯一能实现这种功能的软件,其他的诸如Avogadro、VMD等都可以用,尤其Avogadro是和orca很配套的软件,可以直接产生orca输入文件、读取orca输出文件,很适合和orca配合使用。
Zikuan Wang
山东大学光学高等研究中心 研究员
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-3-8 10:03:09 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2022-3-8 00:41
自己肉眼对照着看、手动修改

明白了,谢谢sob老师

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-3-8 10:02:57 | 只看该作者 Only view this author
wzkchem5 发表于 2022-3-8 00:31
你的反应物和产物结构是用什么软件画的?看看那个软件有没有类似功能

老师我是直接用chemspider找的小分子文件

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发表于 Post on 2022-3-8 01:03:26 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2022-3-8 00:41
自己肉眼对照着看、手动修改

就是这样,我就是这么做的
xyz文件 同时用 记事本 和 Avogadro打开,在记事本上改

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发表于 Post on 2022-3-8 00:41:03 | 只看该作者 Only view this author
溪临昭煌 发表于 2022-3-7 23:00
谢谢sob老师,请问有没有别的办法,我们课题组没有购买GAUSSIAN系列软件,我想使用其他方法

自己肉眼对照着看、手动修改
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发表于 Post on 2022-3-8 00:31:47 | 只看该作者 Only view this author
溪临昭煌 发表于 2022-3-7 16:00
谢谢sob老师,请问有没有别的办法,我们课题组没有购买GAUSSIAN系列软件,我想使用其他方法

你的反应物和产物结构是用什么软件画的?看看那个软件有没有类似功能
Zikuan Wang
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-3-7 23:00:08 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2022-3-7 22:50
可以借用GaussView的Edit - Connection功能,以类似准备Gaussian的QST2任务输入文件的方式去匹配对应关系。 ...

谢谢sob老师,请问有没有别的办法,我们课题组没有购买GAUSSIAN系列软件,我想使用其他方法

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发表于 Post on 2022-3-7 22:50:28 | 只看该作者 Only view this author
可以借用GaussView的Edit - Connection功能,以类似准备Gaussian的QST2任务输入文件的方式去匹配对应关系。匹配完了保存输入文件,再把里面的坐标拷到ORCA输入文件里


北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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