大分子体系如何计算

15whyhq

对于一两百个原子的大分子体系用什么方法计算比较好？

sobereva

xpyp 发表于 2016-6-8 08:35
500个原子， 双路16核32线程，时间耐受度：1个月。那个程序（Gaussian, orca, doml3, onetep ）能用？

如果真想优化完，一个月都愿意等，ORCA没问题。
对于大体系DFT，有orca就不要考虑别的，甩其它的几条街。dmol3要不是能算PBC的话已经被orca秒杀了，onetep那种算周期性的程序来算分子是自讨不快。

xpyp

500个原子， 双路16核32线程，时间耐受度：1个月。那个程序（Gaussian, orca, doml3, onetep ）能用？

cwindy

才两百个原子而已。。。

我能说只要你有时间，只要你服务器配置比较高，MP等方法都能用么。。。

PS: 我们实验室有人算两百个原子的，用的是MP 方法，算一次得花好几天，占了服务器快一年了。。。

shx

这得看你的研究对象和研究目的，可能会很容易也很可能会很复杂。
还是说清楚点，具体点比较好，大家才能回答你。

cwindy

才两百个原子，啥方法都能用，不过时间就会很长

ORCA_in_TCC

你想计算什么东西？

happyrabbit

这个问题太大了，而且太模糊了，大家也无从帮助你呀。
根据你的研究方向或者计算目的阅读一些相关文献，看看人家是怎么计算的，有不明白的带着具体问题再上来询问。

sobereva

没法一概而论，先看你会用什么程序，以及机子如何，以及算什么任务。