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[综合交流] ΔS-Value的求法?

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楼主
ΔS-ValueONIOM approx. = {Ehigh(R)–Ehigh(SM)} – {Elow(R)–Elow(SM)}  ,这个是什么意思?ΔS-Value到底是怎么求的?
http://www.gaussian.com/g_whitepap/oniom_technote.htm

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2016-3-16 13:01:30 | 只看该作者 Only view this author
但是我是初用oniom且周围的人都不会,老师也必须让我学这个。如果不清楚,无法做呀。我也没有理论计算的直觉。

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发表于 Post on 2016-3-15 22:26:57 | 只看该作者 Only view this author
15whyhq 发表于 2016-3-15 19:38
但是之前提到的文献里面是这样写的 If the △S value at the low level is the same as the △S value at t ...

没必要去过度追究具体数值
ONIOM的划分应当凭化学和理论计算的直觉
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2016-3-15 19:38:03 | 只看该作者 Only view this author
但是之前提到的文献里面是这样写的 If the △S value at the low level is the same as the △S value at the high level, the ONIOM method exactly
reproduces the target method.文献中的意思是△S  high 与△S low的值一样的话,oniom划分合理,是这样的意思吗?必须一模一样吗?相差多少是合理的呢?

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发表于 Post on 2016-3-15 18:14:44 | 只看该作者 Only view this author
15whyhq 发表于 2016-3-15 15:00
老师,我没有明白 您的意思?“ 如果real与SM区域之间的那部分能量在两个结构下相差小,说明划分合理,即牵 ...

就是我2L讨论的,E(real)-E(SM),就是real与SM区域之间那部分能量。对反应前后都计算这个。
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2016-3-15 15:00:27 | 只看该作者 Only view this author
老师,我没有明白 您的意思?“ 如果real与SM区域之间的那部分能量在两个结构下相差小,说明划分合理,即牵扯到反应的原子都被纳入到了SM区域了。”

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发表于 Post on 2016-3-15 14:15:56 | 只看该作者 Only view this author
15whyhq 发表于 2016-3-15 10:41
我想知道我做s-value测试时用过渡态的前期及后期络合物做为测试的两个物质以判断oniom划分是否合理,对吗 ...

对。如果real与SM区域之间的那部分能量在两个结构下相差小,说明划分合理,即牵扯到反应的原子都被纳入到了SM区域了。
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2016-3-15 10:41:59 | 只看该作者 Only view this author

我想知道我做s-value测试时用过渡态的前期及后期络合物做为测试的两个物质以判断oniom划分是否合理,对吗?非常感谢!如果不对,那我又应该以什么作为s-value测试的对象呢?

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发表于 Post on 2016-3-14 18:32:21 | 只看该作者 Only view this author
15whyhq 发表于 2016-3-13 20:42
老师您说的意思我明白了。但是我不明白s值测试时,输出文件里面为什么real体系下也会有high的能量值?real ...


计算级别有high、low
计算体系有局部、整体
在Gaussian做s-value计算的时候,以上2*2个组合都会被计算,把高级别和低级别下的s-value都给你。
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2016-3-13 20:43:30 | 只看该作者 Only view this author
还有一个问题s值测试时,输出文件里面的能量是什么能量呀?

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2016-3-13 20:42:04 | 只看该作者 Only view this author
老师您说的意思我明白了。但是我不明白s值测试时,输出文件里面为什么real体系下也会有high的能量值?real体系不是用的low的方法吗?

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发表于 Post on 2016-3-13 09:18:06 | 只看该作者 Only view this author
15whyhq 发表于 2016-3-12 20:57
还有个问题是它这个 high level 的△s值是如何计算出来的?

按文中公式10,就是在高级别方法下,只考虑局部区域时计算的ΔE减去考虑整个体系时计算的ΔE。
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发表于 Post on 2016-3-13 09:15:52 | 只看该作者 Only view this author
15whyhq 发表于 2016-3-12 19:42
两个△s的计算方法哪种正确呢?老师。非常感谢!

没有哪种正确之分,定义不同而已,计算时候应当注明怎么定义的
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2016-3-12 20:57:25 | 只看该作者 Only view this author
还有个问题是它这个 high level 的△s值是如何计算出来的?

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2016-3-12 19:42:58 | 只看该作者 Only view this author
两个△s的计算方法哪种正确呢?老师。非常感谢!

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