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[Sobtop] Sobtop 1.0(dev2)版发布!

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非常便利、普适、高效的产生GROMACS拓扑文件的程序Sobtop 1.0(dev2)版今日发布,比起之前的1.0(dev)版有了极大的改进(可完全自定义力场文件、支持了AMBER力场、可处理周期性体系、能基于用户自定义规则判断原子类型、能产生rtp文件、新加入Linux版,等等),现已可以在http://sobereva.com/soft/Sobtop/下载
我花了很多时间完善了程序主页,并且里面提供了丰富、详细的例子,其中穿插着介绍各种要点。仔细看了就知道现在最新版Sobtop的特性和功能了

以后发布的1.0正式版相对于这个1.0(dev2)版应该不会再有太大变动。

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-3-21 07:20:05 | 只看该作者 Only view this author
阿di达思 发表于 2022-3-20 22:09
社长,Sobtop和Forcefit之间有什么联系吗,有没有俩程序组合使用的案例?

Forcefit是Sobtop的前身
Forcefit能做的事只是如今Sobtop极小的子集而已(其中主功能5,而且仅限于.fch文件,仅限于Seminario方法。而且Forcefit还得有Python环境,用着麻烦),完全没有组合的关系。Forcefit已经完全没用了
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发表于 Post on 2022-3-20 22:09:12 | 只看该作者 Only view this author
社长,Sobtop和Forcefit之间有什么联系吗,有没有俩程序组合使用的案例?

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发表于 Post on 2022-3-17 07:59:22 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 牧生 于 2022-3-17 18:08 编辑
sobereva 发表于 2022-3-16 16:34
是个bug,我刚才更新了,已经修正

win版已经没问题,似乎linux版本还是没更正呢

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-3-17 03:39:02 | 只看该作者 Only view this author
ggdh 发表于 2022-3-16 17:46
有没有计划基于TS方法做VDW参数啊, Multiwfn里面已经可以算半径了, 感觉应该很容易实现?

还不在短期考虑范围内,在此之前还有很多其它更重要的feature打算加入。
TS方式搞出来的,用于凝聚相模拟,实际效果怎么样很难说,估计远不如专门向实验拟合出来的vdW参数。但如果能证明这个方法对有机体系力场不支持的元素,用于模拟的结果至少比用UFF的LJ参数凑合的明显更好,我很乐意加上。
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发表于 Post on 2022-3-16 17:46:13 | 只看该作者 Only view this author
有没有计划基于TS方法做VDW参数啊, Multiwfn里面已经可以算半径了, 感觉应该很容易实现?

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-3-16 16:34:39 | 只看该作者 Only view this author
牧生 发表于 2022-3-16 13:38
产生水杨酸钠阴离子部分,且力常数全基于Hessian计算,遇到了有点奇怪的问题
使用orca进行了水杨酸钠阴离 ...

是个bug,我刚才更新了,已经修正
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-3-16 16:20:39 | 只看该作者 Only view this author
刚才又更新了一下sobtop 1.0(dev2),修正了没法正确识别assign_AT.dat里定义的原子电荷的bug。
界面里增加了选项4产生gjf文件,其中含有Sobtop自动判断的连接关系,便于使用pdb作为输入文件时用户可以在GaussView里检查Sobtop判断的连接关系

在主页上新增加了一个将文献里的参数补进来模拟SiO2晶体的例子
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发表于 Post on 2022-3-16 13:38:56 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 牧生 于 2022-3-16 13:41 编辑

产生水杨酸钠阴离子部分,且力常数全基于Hessian计算,遇到了有点奇怪的问题
使用orca进行了水杨酸钠阴离子部分的opt和freq,使用得到的hess文件,然后参照 例1:产生SF6的GROMACS的拓扑和gro文件:力常数全基于Hessian计算得到,得到的itp有点问题


但是如果直接全部只使用gaff,就没问题

NASAL-.pdb (1.22 KB, 下载次数 Times of downloads: 0)

NASAL-.mol2 (1.56 KB, 下载次数 Times of downloads: 2)

NASAL-.hess

92.56 KB, 下载次数 Times of downloads: 2

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发表于 Post on 2022-3-16 10:01:20 | 只看该作者 Only view this author
谢谢社长

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发表于 Post on 2022-3-16 08:33:28 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2022-3-16 02:27
这是个三维周期性mdp的例子。当时是用来测试模拟金刚石3*3*3超胞的,尺寸比较小,所以里面cutoff用的很 ...

谢谢社长大人~

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-3-16 02:27:25 | 只看该作者 Only view this author
neocc 发表于 2022-3-16 02:13
非常感谢社长的指导~✌︎( ᐛ )✌︎

二茂铁案例的md.mdp不能算周期性,您 ...

md.mdp (716 Bytes, 下载次数 Times of downloads: 10)
这是个三维周期性mdp的例子。当时是用来测试模拟金刚石3*3*3超胞的,尺寸比较小,所以里面cutoff用的很小,而且用截断方式算的静电作用,正常情况应当用PME

正确
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发表于 Post on 2022-3-16 02:13:05 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2022-3-16 01:43
不光是二面角,bond和angle都缺
你的初始结构里O-Si-O的键角明显离谱,这导致自动猜的键角的平衡值都离 ...

非常感谢社长的指导~✌︎( ᐛ )✌︎

二茂铁案例的md.mdp不能算周期性,您可以提供一个用于检测周期性分子的mdp模板嚒?
自己写的test.mdp遇到带电荷的小分子没办法消除质心转动,只能消除平动,轨迹一直在打转,不方便观察。

另外,按照您的指导,进行如下操作是否正确:
1对接枝的分子用高斯做优化后再算频率得到fchk文件
2然后sobtop生成小分子itp,检验拓扑结构在真空中是否合理
3对照键长键角二面角等参数,替换原先的gro和itp里面的数据

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-3-16 01:43:06 | 只看该作者 Only view this author
neocc 发表于 2022-3-15 21:18
请问社长周期性氧化石墨烯上面接小基团,mol2文件里面跨越盒子的键定义正常,由于接枝的小分子里面有Si元素 ...

不光是二面角,bond和angle都缺
你的初始结构里O-Si-O的键角明显离谱,这导致自动猜的键角的平衡值都离谱
先别管二面角,就算留空,起码也能正常跑动力学。你当前模拟的结果是键长键角都是错的,先着力把这些解决。
复杂体系一次跑不成功时就先用简化的或相似不缺参数的体系来跑,反复对照找原因。
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-3-16 01:38:01 | 只看该作者 Only view this author
阿di达思 发表于 2022-3-15 17:59
社长,Sobtop可以结合CLAYFF或INTERFACEFF力场进行矿物的gmx模拟吗?

原理上可以
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