求助：amber里的LJ参数与gromacs中的转化

1900

如题，如何将amber力场中的LJ势转化为gromacs中top文件中的LJ势。我查看了这两个手册，但是对于σ是如何转换的我还是没看懂。和acpype给出的结果差一个2倍关系。

youknowdcf

angervlf 发表于 2023-10-11 15:42
兄弟，我用了sob老师的公示，还是存在一个两倍的关系，我还是不太懂sigma的转换关系，你懂了嘛？为什么会存 ...

要乘2，https://blog.sciencenet.cn/home. ... =blog&id=718384

angervlf

兄弟，我用了sob老师的公示，还是存在一个两倍的关系，我还是不太懂sigma的转换关系，你懂了嘛？为什么会存在这个两倍的关系呢？

1900

谢谢sob老师

sobereva

Sobtop（http://sobereva.com/soft/Sobtop）里的子程序，用来把AMBER力场文件里读的epsilon和r0转化为GROMACS里用AMBER/GAFF力场时用的epsilon和sigma参数，注释写得很清楚

!--------- Convert LJ parameters (epsilon in kcal/mol, r0 in Angstrom) to GROMACS convention (epsilon in kJ/mol, sigma in nm)
subroutine LJ_convert(eps,r0,gmx_eps,gmx_sig)
real*8 eps,r0,gmx_eps,gmx_sig
gmx_eps=eps*4.184D0 !kcal/mol -> kJ/mol
gmx_sig=r0/2**(1D0/6D0)/10 !r0 -> sigma (Angstrom), then to nm
end subroutine