求助：gmx rms 命令的参数问题

crush

请问各位老师，我在gromacs手册中看到 gmx rms命令的 -s选项可以选择 .tpr或.gro文件作为参数，使用这两种文件有什么不同吗？下面是我分别用.gro文件和.tpr文件出的图
gmx rms -f md_nopbc.xtc -s md.gro  -o test_gro.xvg -tu ns

gmx rms -f md_nopbc.xtc -s md.tpr -o test_tpr.xvg -tu ns

crush

Frozen-Penguin 发表于 2022-3-17 23:39
gmx rms计算的是轨迹中每个构象和参考构象之间的rmsd，-s选取的是参考构象，tpr文件包含模拟开始的构象，所 ...

明白了，非常感谢您的解答！

Frozen-Penguin

gmx rms计算的是轨迹中每个构象和参考构象之间的rmsd，-s选取的是参考构象，tpr文件包含模拟开始的构象，所以用tpr文件做参考，rmsd的值一开始是0，md.gro是模拟结束时的构象，而且周期性边界条件没有处理过，所以以md.gro文件为参考，rmsd的值很大。