提取路径文件，trjconv运行出错

hbyi

  gmx_mpi trjconv -f envt3.xtc -s envt3.tpr -o envt-trj3.gro -b 0 -e 5000                  

Note that major changes are planned in future for trjconv, to improve usability and utility.
Will write gro: Coordinate file in Gromos-87 format                                         
Reading file envt3.tpr, VERSION 2021.4 (single precision)                                   
Reading file envt3.tpr, VERSION 2021.4 (single precision)                                   
Select group for output                                                                     
Warning: file does not end with a newline, last line:                                       

Group     0 (         System) has 13112 elements                                            
Group     1 (          Other) has 13020 elements                                            
Group     2 (             GC) has   900 elements                                            
Group     3 (             CO) has    18 elements                                            
Group     4 (             NA) has    20 elements                                            
Group     5 (              K) has    20 elements                                            
Group     6 (             CL) has    34 elements                                            
Group     7 (            SOL) has 12120 elements                                            
Group     8 (             CG) has    18 elements                                            
Group     9 (             GC) has   900 elements                                            
Group    10 (             CO) has    18 elements                                            
Group    11 (             NA) has    20 elements                                            
Group    12 (              K) has    20 elements                                            
Group    13 (             CL) has    34 elements                                            
Group    14 (            SOL) has 12120 elements                                            
Group    15 (             NA) has    20 elements                                            
Group    16 (             GC) has   900 elements                                            
Group    17 (             CO) has    18 elements                                            
Group    18 (             NA) has    20 elements                                            
Group    19 (              K) has    20 elements                                            
Group    20 (             CL) has    34 elements                                            
Group    21 (            SOL) has 12120 elements                                            
Group    22 (              K) has    20 elements                                            
Group    23 (             GC) has   900 elements                                            
Group    24 (             CO) has    18 elements                                            
Group    25 (             NA) has    20 elements                                            
Group    26 (              K) has    20 elements                                            
Group    27 (             CL) has    34 elements                                            
Group    28 (            SOL) has 12120 elements                                            
Group    29 (             CL) has    34 elements                                            
Group    30 (             GC) has   900 elements                                            
Group    31 (             CO) has    18 elements                                            
Group    32 (             NA) has    20 elements                                            
Group    33 (              K) has    20 elements                                            
Group    34 (             CL) has    34 elements                                            
Group    35 (            SOL) has 12120 elements                                            
Select a group:                                       
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Program:     gmx trjconv, version 2021.4               
Source file: src/gromacs/topology/index.cpp (line 902)

Fatal error:                                          
Cannot read from input                                 
For more information and tips for troubleshooting, please check the GROMACS

hbyi

是还要读取一个ndx文件吗？我用make_ndx生成ndx文件也出现input error. 原子数多于10000，不是问题吧？

sobereva

hbyi 发表于 2022-3-18 17:00
是还要读取一个ndx文件吗？我用make_ndx生成ndx文件也出现input error. 原子数多于10000，不是问题吧？

有别人回复之前若需要对帖子进行修改、补充，应直接编辑原帖，不要通过回帖进行补充，这点在置顶的新社员必读贴里明确说了。

说清楚trjconv启动后你都输入了什么

另外，-o接的是gro文件，很莫名其妙，你既然选取的不是单帧，干嘛用gro文件来记录，这比起xtc、trr格式大得多

hbyi

sobereva 发表于 2022-3-19 06:55
有别人回复之前若需要对帖子进行修改、补充，应直接编辑原帖，不要通过回帖进行补充，这点在置顶的新社员 ...

卢老师好，我是想提取为文本格式的坐标，然后用自己的代码分析动态信息，xtc、trr格式，我的分析小程序没法读xtc或trr格式，不清楚如何从xtc，trr中读出坐标参数。我在济南超算用脚本提交的，这是脚本中的作业运行。
mpirun -np 1 gmx_mpi traj -f envt2.trr -s envt2.gro -oxt coord.gro
所以运行后没有再输入参数。我提取一个shapshot的gro文件也出错。GROMACS:      gmx trjconv, version 2021.4
Executable:   /es01/paratera/sce2051/soft/gromacs-install/bin/gmx_mpi
Data prefix:  /es01/paratera/sce2051/soft/gromacs-install
Working dir:  /es01/paratera/sce2051/work/grotest/gracoo
Command line:
  gmx_mpi trjconv -f envt3.trr -s envt3.tpr -o coord.gro -b 1000 -e 1000


Gromacs 2021.4的版本。我看了GROMACS 2022版，好像修复了trjconv的一些功能bug，但我没太弄清楚是否与我的我问题相关。
谢谢！

sobereva

hbyi 发表于 2022-3-19 09:52
卢老师好，我是想提取为文本格式的坐标，然后用自己的代码分析动态信息，xtc、trr格式，我的分析小程序没 ...

VMD载入轨迹，保存成xyz轨迹格式，从中提取坐标很容易