自由能垒反应路径图，环境向体系加了质子应该怎么表示

wudiazhu

各位老师好。

1.最近看到的一篇文献里的反应路径如下图，中间有个过程是溶液环境向体系加了质子，不过我看作者纵坐标用的是电子能量，质子的电子能量为0。严格来讲纵坐标应该用自由能，用自由能的话加质子前后物质的自由能应该如何计算，比如A得到环境中的H+变成了B，那是否应该是加质子前算G(A)+G(H+)，加质子后用G(B)，但考虑到在A之前也有多步反应，那A之前的各个物种的自由能是否都应该加上G(H+)，否则原子数都对不上了。还是说加质子前算G(A)，加质子后用G(B)-G(H+)，但这样又不符合实际结构了，这方面有点困扰。

2.Sob老师在http://bbs.keinsci.com/thread-25729-1-1.html里提到溶液中H+的计算方法，标况下溶液中G(H+)=-26.3101kJ/mol -265.9kcal/mol + 1.89kcal/mol 对吗，解释为标况气相下质子的自由能 + 质子的溶解自由能 + 气相到液相自由能变。

3.还有一个小问题，这样不考虑质子来源，从而无需画出质子转移的过渡态的做法是不是可以接受的？
谢谢各位老师了，如有描述不清的地方，还请告知，我多多解释，谢谢！

taotao123

您好，请问可否提供一下这篇文章的doi号

wudiazhu

dnlx 发表于 2022-3-22 20:32
我觉得是——这里有相关讨论：
http://bbs.keinsci.com/thread-23700-1-1.html

好的谢谢，我去看看

dnlx

wudiazhu 发表于 2022-3-22 15:03
您是指作者应该用H3O+与体系相互作用，计算这个过程的过渡态路径对吗？

我觉得是——这里有相关讨论：
http://bbs.keinsci.com/thread-23700-1-1.html

wudiazhu

dnlx 发表于 2022-3-22 12:24
自由能垒、过渡态都属于动力学范畴，而不是热力学计算，所以这里应该用水合质子，而不是单个的质子吧。

您是指作者应该用H3O+与体系相互作用，计算这个过程的过渡态路径对吗？

dnlx

自由能垒、过渡态都属于动力学范畴，而不是热力学计算，所以这里应该用水合质子，而不是单个的质子吧。