C++编写计算体系局部的均方位移（MSD）求助

17865328994 · 发表于 Post on 2022-3-29 10:31:00

用gromacs跑完一个水盒子之后，最近一直在思考，怎么编写一个一个程序计算体系局部区域的MSD，因为之前计算都是体系整体的，能够写出来，但是现在计算局部区域的，不知道怎么写，因为水分子不可能一直待在那个区域

社会主义小战士 · 发表于 Post on 2022-3-30 09:34:45

本帖最后由社会主义小战士于 2022-3-30 09:45 编辑

在统计力学中，均方位移（MSD，均方位移或均方波动）是粒子随时间移动后的位置相对于参考位置的偏差的量度。建议先看下这篇博文（https://blog.sciencenet.cn/home.php?mod=space&uid=3388193&do=blog&id=1232344）

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[GROMACS] C++编写计算体系局部的均方位移（MSD）求助