膜蛋白添加水模拟的一个问题

bingzan · 发表于 Post on 2022-3-30 16:11:35

我需要将膜蛋白溶于水中。方法1:用editconf产生一个盒子，再用genbox加水（如图1，膜两侧被加上了水）；
方法2:比方法1多了-d 1.0 -bt cubic这2个参数。（如图2，整个膜蛋白体系被水分子包裹住了）
请问这两者的区别是什么原因？都正确吗？

sobereva · 发表于 Post on 2022-3-31 15:26:11

bingzan 发表于 2022-3-30 20:32
谢谢您的指教！我也认为第一种是正确的，膜边界不能裹在水里。所以“-d 1.0 -bt cubic"这个参数对于有膜 ...

仅对于当前体系要被水完全包裹的情况才适用，诸如蛋白、核酸等（另外，对于体系是明显长条形的情况，用-bt cubic强行用矩形盒子会很浪费，mdp里设消除溶质的转动时通常就可以用默认的矩形盒子）

Frozen-Penguin · 发表于 Post on 2022-3-31 10:55:14

bingzan 发表于 2022-3-30 20:32
谢谢您的指教！我也认为第一种是正确的，膜边界不能裹在水里。所以“-d 1.0 -bt cubic"这个参数对于有膜 ...

-d 表示溶质到盒子边界的距离，膜应该要和盒子边界接触，所以不能这样设置。

bingzan · 发表于 Post on 2022-3-30 20:32:13

sylar 发表于 2022-3-30 18:24
膜边界不能被水包裹

谢谢您的指教！我也认为第一种是正确的，膜边界不能裹在水里。所以“-d 1.0 -bt cubic"这个参数对于有膜的体系不适用，对吗？

sylar · 发表于 Post on 2022-3-30 18:24:53

膜边界不能被水包裹

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[GROMACS] 膜蛋白添加水模拟的一个问题