求助nvt下气液界面体系的密度命令

qiyan · 发表于 Post on 2022-3-31 21:18:19

我模拟了气液界面的体系（IL和水），模拟流程如下：先能量最小化，预平衡（nvt，npt），然后拉长盒子（z方向拉长5倍并保证体系处于中心位置），再跑nvt（20000ps）平衡后.
1、怎么抽取体系的密度

2、怎么获得气相和液相的分压力
3、gromacs能算气液两相的逸度吗。我看文献有人说用MD自带的虚拟气体法来求。
请各位大神们指点一下新手小白的我。

yee · 发表于 Post on 2023-1-11 17:50:28

qiyan 发表于 2022-4-1 14:59
非常感谢sob老师，那剩下两个问题怎么解决呢。。。。。

请问解决了吗？我也是盒子拉长之后压力不知道如何取，拉长之后压力都为负值了

qiyan · 发表于 Post on 2022-4-1 14:59:46

非常感谢sob老师，那剩下两个问题怎么解决呢。。。。。

sobereva · 发表于 Post on 2022-4-1 00:25:26

gmx density直接就给你不同Z位置的密度

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[GROMACS] 求助nvt下气液界面体系的密度命令