求助：grompp的时候出现了如下提示

FrancisLi · 发表于 Post on 2022-4-1 10:43:54

各位老师，我在跑模拟的时候为了节省时间，就想把time step调大一点，但是出现了如下提示，想问下这个是什么意思呀，如果就这样跑的话会有什么问题？感谢！

NOTE 2 [file sys.top, line 12]:
The bond in molecule-type AB between atoms 4 CHO and 5 O has an estimated
oscillational period of 3.3e-02 ps, which is less than 10 times the time
step of 5.0e-03 ps.
Maybe you forgot to change the constraints mdp option.

复制代码

sobereva · 发表于 Post on 2022-4-3 20:24:46

FrancisLi 发表于 2022-4-2 01:25
大佬您好，还行问一下，怎么给具体某根键设置constraint呀，我现在只设置了H-bond，感谢！

若要单独约束某个键，只能改拓扑文件，在里面利用[constraints]字段实现

FrancisLi · 发表于 Post on 2022-4-2 12:36:13

Frozen-Penguin 发表于 2022-4-2 09:54
无法指定某个键的constraint，提示中说某个键振动频率过高，其实体系中不仅是这个键频率高，constraint需 ...

好的好的，非常感谢大佬解答！

Frozen-Penguin · 发表于 Post on 2022-4-2 09:54:23

本帖最后由 Frozen-Penguin 于 2022-4-3 23:54 编辑

FrancisLi 发表于 2022-4-2 01:25
大佬您好，还行问一下，怎么给具体某根键设置constraint呀，我现在只设置了H-bond，感谢！

mdp文件中无法指定某个键的constraint，提示中说某个键振动频率过高，其实体系中不仅是这个键频率高，constraint需要给所有振动频率高的键加上，所以整体上设置就可以了，一般用H-bond或者all-bond，具体情况可以看手册mdp部分的constraint选项。

FrancisLi · 发表于 Post on 2022-4-2 01:25:15

Frozen-Penguin 发表于 2022-4-1 12:26
分子动力学模拟的采样频率应该大于体系中最高振动频率的5-10倍，才能比较准确地计算体系的运动过程，步长设 ...

大佬您好，还行问一下，怎么给具体某根键设置constraint呀，我现在只设置了H-bond，感谢！

FrancisLi · 发表于 Post on 2022-4-2 01:10:01

sobereva 发表于 2022-4-1 14:25
搞清楚原理自然就懂了

哦哦是这样，感谢sob老师解答！

FrancisLi · 发表于 Post on 2022-4-2 01:09:22

Frozen-Penguin 发表于 2022-4-1 12:26
分子动力学模拟的采样频率应该大于体系中最高振动频率的5-10倍，才能比较准确地计算体系的运动过程，步长设 ...

原来如此！感谢大佬解答！

sobereva · 发表于 Post on 2022-4-1 14:25:31

搞清楚原理自然就懂了

Frozen-Penguin · 发表于 Post on 2022-4-1 12:26:25

分子动力学模拟的采样频率应该大于体系中最高振动频率的5-10倍，才能比较准确地计算体系的运动过程，步长设置太大，可能无法准确计算出某些化学键的振动，这些误差如果会积累，就会导致长时间模拟的结果不正确。如果可以确定这些化学键的高频率振动不会影响模拟结果，设置constraints，不让特定的化学键振动，上面的问题就解决了。

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