催化反应中催化剂分子和反应物分子初始位置怎么放合适？

fanxi707 · 发表于 Post on 2022-4-2 15:42:28

请教一下，单分子催化反应，比如HAlCl3(OH)催化芳烃分子聚合，首先将反应物分子和催化剂分子放在一起进行结构优化，然后搜索过渡态，催化剂分子和反应物分子初始位置怎么放呀？
放的距离和角度不同，优化出来的结果各不相同。
请同学或老师帮忙解答一下，谢谢~

fanxi707 · 发表于 Post on 2022-4-9 16:29:32

sobereva 发表于 2022-4-2 22:38
去看相关反应的研究，估计出来反应机理，试着摆过渡态初猜、找过渡态，如果找到了想要的，跑IRC，然后优化 ...

谢谢老师耐心的解答，深入学习高斯后明白了老师的解答~

sobereva · 发表于 Post on 2022-4-2 22:38:13

去看相关反应的研究，估计出来反应机理，试着摆过渡态初猜、找过渡态，如果找到了想要的，跑IRC，然后优化反应物一端的结构，得到反应实际对应的反应复合物结构。注意不一定反应对应的复合物结构就是能量最低的二聚体结构。

但如果你真是一点思路也没有，也可以先优化出可能的能量最低的一批复合物结构（可以借助genmer+molclus搜索，看http://bbs.keinsci.com/thread-2369-1-1.html），试图根据结构获取初猜过渡态的灵感。

fanxi707 · 发表于 Post on 2022-4-2 16:50:33

wzkchem5 发表于 2022-4-2 16:26
研究催化反应不能盲目优化，必须先根据化学常识确定过渡态大致长什么样，再按那个样子摆。如果不能确定长什 ...

好的，了解了，谢谢老师~

wzkchem5 · 发表于 Post on 2022-4-2 16:26:14

研究催化反应不能盲目优化，必须先根据化学常识确定过渡态大致长什么样，再按那个样子摆。如果不能确定长什么样，就查文献类似的体系，看看文献是怎么摆的。如果连文献都查不到，就只能用molclus（http://bbs.keinsci.com/thread-577-1-1.html）等软件穷举所有可能的位置，分别计算，取过渡态自由能最低的。

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