【原创】分享一个基于DMol3计算电子密度差的Matlab程序（未经授权，禁止转载）

wsz

程序（见附件）及示例文件：「ElectronDensityDifference4DMol3」https://www.aliyundrive.com/s/KbmTSqbBiWm

程序使用的电子密度差的计算公式：


（注：DMol3软件计算的电子密度文件名一般为‘***_density.grd’，以下简称‘grd文件’）

程序有两个输出文件（单位均为‘e-^Å-3’）：
***_deformation_density.grd：DMol3格式文件，可以在Analysis中导入查看
***.CHGCAR：VASP的CHGCAR格式文件，可以用VESTA查看

示例文件为一个N掺杂石墨烯，使用两种格式的文件得到的效果图如下（iso=0.03）：
   

程序使用方法介绍：
ElectronDensityDifference4DMol3.m是主函数，需要五个参数：

调用格式：ElectronDensityDifference4DMol3(density_AB, density_A, density_B, POSCAR, output_filename)

参数说明：
density_AB, density_A, density_B分别为体系的总电子密度，及各部分的电子密度（不需要后缀名）
POSCAR：由于grd文件不包括结构信息，需要一个结构文件，VASP的POSCAR格式，可以使用VESTA等软件转换
output_filename：输出文件的文件名（缺省值：'ElectronDensityDifference'）
示例文件可以直接在命令行执行以下命令：ElectronDensityDifference4DMol3('CN_density', 'C_density', 'N_density', 'POSCAR', 'CN')


注意程序运行时需要调用以下三个子函数：

import_grd.m：读取grd文件

export_grd.m：导出grd文件

export_CHGCAR.m：导出VASP的CHGCAR格式的文件

另有一个Main.m文件，执行该文件除了给出上述两个输出文件外，还可给出电子密度差的切面图，效果图如下，程序的默认值为c方向的1/2处（可以根据自己感兴趣的位置修改程序）。

wsz

polymer_ck 发表于 2024-3-28 16:23
老师，您的代码帮了大忙了，请问如何致谢或引用您的工作？

不需要引用，可以直接用哈

polymer_ck

老师，您的代码帮了大忙了，请问如何致谢或引用您的工作？

wsz

丁真xxx 发表于 2024-3-21 15:52
老师，Dmol3我看是不能计算部分的差分点密度，请问您是怎么得到三个文件，

分别自洽得到

丁真xxx

老师，Dmol3我看是不能计算部分的差分点密度，请问您是怎么得到三个文件，

sdc5070163

wsz 发表于 2023-11-30 12:56
把这几个脚本和相关文件放到同一个目录，修改Main文件import_grd对应的文件名（4~6行），直接run就行。

感谢老师

wsz

sdc5070163 发表于 2023-11-27 19:39
老师您好 非常感谢您的分享 不过是否可以提供一下详细的操作流程？对Matlab实在是操作不起来

把这几个脚本和相关文件放到同一个目录，修改Main文件import_grd对应的文件名（4~6行），直接run就行。

sdc5070163

老师您好 非常感谢您的分享 不过是否可以提供一下详细的操作流程？对Matlab实在是操作不起来

Pengplus

对于CASTEP的差分电荷，我的做法是纯手工： 下载三个计算结果文件（.check文件 在remote review中有）→c2x转化check文件为.xsf文件（http://www.c2x.org.uk/）→VESTA打开处理  即可得到VESTA画风的差分电荷图   每次操作都略显繁琐但是又无可奈何

kaikai

wsz 发表于 2023-9-7 10:33
没有专门发表，可以直接用哈。

多谢老师

wsz

kaikai 发表于 2023-9-7 08:35
老师，你的这篇文章中介绍的方法帮了我的大忙，请问这个程序发表到文章中了吗？我想引用一下。

没有专门发表，可以直接用哈。

kaikai

老师，你的这篇文章中介绍的方法帮了我的大忙，请问这个程序发表到文章中了吗？我想引用一下。

sobereva

顺带一提，Multiwfn也可以直接载入grd文件，之后可以用主功能13的子功能11对当前载入的和另一个grd文件做各种数学运算（20多种，求差包括在内），算完的格点数据可以直接在主功能13里用选项-2观看等值面，也可以导出成cub文件用其它程序绘制。

另外，Multiwfn的settings.ini里的iuserfunc设为-1（线性插值）或-3（B-spline插值）后，在启动并载入一个grd文件后，可以用主功能3和主功能4分别在特定路径上和特定平面上绘制曲线图和各种形式的平面图，数值对应载入的格点数据插值出的数值。