溶解自由能计算问题

xryao

大家好，有没有根据GROMACS官网里自带的溶解自由能计算教程Free Energy Calculations (mdtutorials.com)计算过溶解自由能，我根据这个方法计算的溶解自由能与文献差别太大，文章中甲苯在水中的溶解自由能为-3.32kJ/mol，我按此方法计算所得为-9.00kJ/mol（λ值按文章内容设置，发邮件请教作者没有回复，参考文章为Solvent effect on xylose-to-furfural reaction in biphasic systems: combined experiments with theoretical calculations - Green Chemistry (RSC Publishing)）。附上我用于计算的.mdp及.top文件，其中溶质分子电荷设为零（如TOL.gro、TOL.itp）。麻烦大家指教一下，谢谢。
free energy.rar (57.8 KB, 下载次数 Times of downloads: 10)

2022-4-11 13:46 上传 Uploaded

点击下载
Click to download

xryao

yee 发表于 2022-4-18 11:25
教程的自由能是只关闭范得华力的，文献的可能是关闭范德华力和库仑力的，所以不一样，但即使加入了库仑力 ...

好的，谢谢你。我根据文献提供的lambda设置，计算了一遍文献中的溶解自由能，得到的结果和文献也有很大差别，搞不懂了。

yee

xryao 发表于 2022-4-17 10:56
教程是甲烷在水中的溶解自由能，跟着教程计算了一遍，结果和教程差不多；但我以教程的方法算了甲苯在水中 ...

教程的自由能是只关闭范得华力的，文献的可能是关闭范德华力和库仑力的，所以不一样，但即使加入了库仑力，我算的有时候也是很文献有较大差别，不知道是不是lambda大小的问题。

xryao

yee 发表于 2022-4-16 15:03
教程的是-9.13 ± 0.09 kJ mol-1吧

教程是甲烷在水中的溶解自由能，跟着教程计算了一遍，结果和教程差不多；但我以教程的方法算了甲苯在水中的溶解自由能，发现结果与文章有很大偏差。

yee

教程的是-9.13 ± 0.09 kJ mol-1吧