一般什么情况下添加位置限制？

xiayu1985

针对体系中的蛋白质（DNA），离子（阳离子和阴离子），配体，水等，一般什么阶段（energy minimization，Equilibrition（NVT,NPT））、其中的哪些对象需要添加位置限制。

sobereva

通常生物大分子，连同结合的配体，在加水后的短暂动力学过程中应当加上位置限制，使得水在弛豫的过程中不至于扰乱这部分的结构。
通常NVT根本没必要做。刻意先做NVT再做NPT的教程或文章里>90%的情况做NVT都是多余的。