求助，gromacs中如何对磷脂的位置进行限制

lnz · 发表于 Post on 2022-4-12 10:57:52

力场是martini 想要对部分区域的磷脂头部进行位置限制。开始想法是对于这部分的磷脂生成索引，然后用gmx genrestr 获得限制文件，用于限制。在写top的时候查了一下要写在对应的.itp下面，但是对于lipid只有一个总的.itp文件我写在下面之后grompp还是会报错。所以想问一下一个是我的这个思路出现的错误有没有办法解决，或是有没有其他的可以对于部分Lipid进行限制的方法。

sobereva · 发表于 Post on 2022-4-12 14:58:55

lnz 发表于 2022-4-12 13:12
十分感谢sob老师的解答。freeze的我可以试试。但是具体是如何分成两类磷脂然后分别添加位置限制呢？

比如一个叫DPPC，一个叫DPPC_pr，后者的[moleculetypes]里加上位置限制设置
[molecules]里按照结构文件里的顺序写，诸如
DPPC 40
DPPC_pr 24
DPPC 40
DPPC_pr 24
假设结构文件41~64和105~128号是要位置限制的DPPC分子，1~40和65~104是不位置限制的。

lnz · 发表于 Post on 2022-4-12 13:12:27

sobereva 发表于 2022-4-12 12:55
要么改用freeze，要么分成两类磷脂，加位置限制和不加位置限制的

十分感谢sob老师的解答。freeze的我可以试试。但是具体是如何分成两类磷脂然后分别添加位置限制呢？

sobereva · 发表于 Post on 2022-4-12 12:55:44

要么改用freeze，要么分成两类磷脂，加位置限制和不加位置限制的

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