计算化学公社

 找回密码 Forget password
 注册 Register
Views: 4035|回复 Reply: 1
打印 Print 上一主题 Last thread 下一主题 Next thread

[GROMACS] 请问用gromacs做PS/PA6/石墨烯体系跑NVT时出现Segmentation fault的问题如何解决?

[复制链接 Copy URL]

1

帖子

0

威望

83

eV
积分
84

Level 2 能力者

本帖最后由 ttto 于 2022-4-14 21:39 编辑

老师和各位网友好,本体系选择的是尼龙6 PA6(6个单体共30个分子)和聚苯乙烯PS(10个单体30个分子)以及三片石墨烯构成的模型,已经用steep和cg跑了两次能量最小化,用NPT跑完了退火,跑完NPT的模型(图片如下),但是紧接着跑NVT的时候都会出现Segmentation fault的问题,以下是我的NVT的mdp文件和Segmentation fault的截图(图片如下)

1.png (88.69 KB, 下载次数 Times of downloads: 15)

NVT模拟过程出现的Segmentation fault

NVT模拟过程出现的Segmentation fault

2.png (887.92 KB, 下载次数 Times of downloads: 20)

跑完NPT后的gro文件,红色为石墨烯,黄色为PA6,蓝色为PS

跑完NPT后的gro文件,红色为石墨烯,黄色为PA6,蓝色为PS

3.png (47.33 KB, 下载次数 Times of downloads: 19)

NVT的mdp文件

NVT的mdp文件

6万

帖子

99

威望

6万

eV
积分
125155

管理员

公社社长

2#
发表于 Post on 2022-4-15 03:58:54 | 只看该作者 Only view this author
没特殊理由就别做NVT
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

手机版 Mobile version|北京科音自然科学研究中心 Beijing Kein Research Center for Natural Sciences|京公网安备 11010502035419号|计算化学公社 — 北京科音旗下高水平计算化学交流论坛 ( 京ICP备14038949号-1 )|网站地图

GMT+8, 2026-2-24 05:48 , Processed in 0.419827 second(s), 30 queries , Gzip On.

快速回复 返回顶部 返回列表 Return to list