求助：VMD计算的径向分布函数和配位数趋势相反

xjw · 发表于 Post on 2022-4-16 11:51:39

各位老师好，我使用Gromacs进行模拟得到轨迹文件后，使用VMD计算径向分布函数和配位数。但是按照配位数的计算公式来看（图1），gr和nr的变化趋势应该是相同的。但是我却得到相反的结果。请问这是为什么呢？图2是使用VMD计算得到的径向分布函数；图3是对应的配位数

xjw · 发表于 Post on 2022-4-18 08:06:37

sobereva 发表于 2022-4-17 22:35
显然不是正比关系
根据计算公式，将rdf的比例和N的比例对照，从数学上就知道不等价

知道了，感谢老师耐心回复

sobereva · 发表于 Post on 2022-4-17 22:35:28

xjw 发表于 2022-4-17 08:41
抱歉老师，还是有点没理解，意思是其实两个并没有严格的正比关系对嘛？

显然不是正比关系
根据计算公式，将rdf的比例和N的比例对照，从数学上就知道不等价

xjw · 发表于 Post on 2022-4-17 08:41:52

sobereva 发表于 2022-4-17 03:32
搞清楚rdf的定义，分母是平均密度
rdf体现的是不同径向位置相对于平均密度的大小，不看平均密度自身的值； ...

抱歉老师，还是有点没理解，意思是其实两个并没有严格的正比关系对嘛？

sobereva · 发表于 Post on 2022-4-17 03:32:33

搞清楚rdf的定义，分母是平均密度
rdf体现的是不同径向位置相对于平均密度的大小，不看平均密度自身的值；而配位数曲线则同时体现了平均密度（公式的积分符号外面那个rho）

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[VMD] 求助：VMD计算的径向分布函数和配位数趋势相反