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[Multiwfn使用咨询] 求助用Multiwfn画CP2K的静电势图

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求问各位大佬,由于之前算各个构型的结合能都是用cp2k算,现在要画静电势的图,看到multiwfn是可以读取wfn文件,但cp2k产生的wfn文件直接导入multiwfn会闪退,是什么原因或者还有什么办法可以画静电势吗?求求了!

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-4-19 22:31:21 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2022-4-19 20:57
分子不在盒子中央
让分子居中再计算(所有原子坐标>0)。CP2K的盒子从0,0,0开始

按照您的方法做出来了,十分感谢

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发表于 Post on 2022-4-19 20:57:45 | 只看该作者 Only view this author

分子不在盒子中央
让分子居中再计算(所有原子坐标>0)。CP2K的盒子从0,0,0开始
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
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Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-4-19 19:14:25 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2022-4-19 18:57
看不到你的图
仔细看置顶的新社员必读贴了解怎么贴图

大概这样

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发表于 Post on 2022-4-19 18:57:30 | 只看该作者 Only view this author
aleilei 发表于 2022-4-19 18:50
是70个原子左右的分子构型,按您的方法画出来了,不过显示出了点问题,显示的图像是分裂的

看不到你的图
仔细看置顶的新社员必读贴了解怎么贴图
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-4-19 18:50:25 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2022-4-19 01:18
如果是分子,没必要用CP2K
如果是周期性体系,让CP2K产生电子密度和静电势的cub文件,分别命名为density ...

是70个原子左右的分子构型,按您的方法画出来了,不过显示出了点问题,显示的图像是分裂的

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发表于 Post on 2022-4-19 01:18:29 | 只看该作者 Only view this author
aleilei 发表于 2022-4-19 01:08
谢谢您的回复,主要想画电子密度等值面着色展现分子范德华表面静电势分布,我去尝试用cp2k产生静电势的cu ...

如果是分子,没必要用CP2K
如果是周期性体系,让CP2K产生电子密度和静电势的cub文件,分别命名为density1.cub和ESP1.cub,放到VMD目录下,按照下文的方法,在VMD里输入iso命令就能直接画出来
使用Multiwfn+VMD快速地绘制静电势着色的分子范德华表面图和分子间穿透图(含视频演示)
http://sobereva.com/443http://bbs.keinsci.com/thread-11080-1-1.html
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-4-19 01:08:19 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2022-4-19 00:41
CP2K自动产生的wfn文件和下文介绍的wfn文件完全是两码事,毫无联系
详谈Multiwfn支持的输入文件类型、产生 ...

谢谢您的回复,主要想画电子密度等值面着色展现分子范德华表面静电势分布,我去尝试用cp2k产生静电势的cub文件,十分感谢

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-4-19 01:04:03 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2022-4-19 00:39
如置顶的新社员必读贴、论坛首页的公告栏、版头的红色大字非常明确所示,求助帖必须在帖子标题明确体现出此 ...

不好意思,第一次用这个,不太懂规矩,给您添麻烦了

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发表于 Post on 2022-4-19 00:41:49 | 只看该作者 Only view this author
CP2K自动产生的wfn文件和下文介绍的wfn文件完全是两码事,毫无联系
详谈Multiwfn支持的输入文件类型、产生方法以及相互转换
http://sobereva.com/379http://bbs.keinsci.com/thread-6020-1-1.html
利用wfn文件计算电子密度的代码的编写方法
http://sobereva.com/182

怎么画静电势的图看你具体画什么样的,交代详细
Multiwfn没法基于CP2K的波函数直接算静电势,只能根据CP2K产生的静电势的cub文件,通过线性或B-spline插值产生任意位置的静电势

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发表于 Post on 2022-4-19 00:39:27 | 只看该作者 Only view this author
如置顶的新社员必读贴、论坛首页的公告栏、版头的红色大字非常明确所示,求助帖必须在帖子标题明确体现出此帖内容是求助或提问,并清楚、准确反映出帖子具体内容,避免有任何歧义,仔细看http://bbs.keinsci.com/thread-9348-1-1.html。我已把你的严重不恰当标题“静电势 cp2k”改了,以后务必注意,下次将删帖+扣分处理。提问时别图省事就把几个关键词在标题里一摆。

当前明明是普通求助贴,分类干嘛选[Multiwfn资源与经验]?不要扰乱论坛秩序。这次给你改了,下次将扣分处理。
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