forcite使用氢键计算脚本出现问题

zyj19831206

我使用MS中自带的氢键计算脚本分析氢键，出现问题，脚本运行结果显示：
Illegal division by zero at -e line 42. 然后运行出一个空文件。所分析的文件是一个经过NVT模拟出的最低能量结构，还望高手赐教，怎么说明这个文件中水分子与聚合物分子形成了氢键。

sobereva

zyj19831206 发表于 2016-4-5 07:19
Vmd可以自动分析氢键？我试试。

这是以前用的一些VMD里和氢键统计有关的Tcl脚本可参考

统计某一对儿氢键在整个轨迹中出现的总次数，可以由此得到氢键的占据百分数，donor和accept是原子index，给氢原子的原子叫donor，受到氢原子的叫acceptor。fps是帧数
proc hb {fps1 fps2 donor accept} {
set cum 0
for {set i $fps1} {$i<=$fps2} {incr i 1} {
set dd [atomselect top "index $donor" frame $i]
set aa [atomselect top "index $accept" frame $i]
set temp [measure hbonds 3.5 35 $dd $aa]
if {$temp!="{} {} {}"} {puts $temp;incr cum}
}
puts $cum
}



显示蛋白质中的氢键数目随时间变化
for {set i 0} {$i<=100} {incr i 1} {
set dd [atomselect top protein frame $i]
puts "$i [llength [lindex [measure hbonds 3.0 35 $dd] 0]]"
$dd delete
}


计算不同z位置水能形成氢键数的VMD Tcl脚本
http://sobereva.com/54

zyj19831206

sobereva 发表于 2016-4-3 12:49
不知道你用的是哪个脚本，看看脚本的42行是否除以了某个变量且这个变量此时恰为0。导致这个既可能是脚本bug ...

Vmd可以自动分析氢键？我试试。

sobereva

不知道你用的是哪个脚本，看看脚本的42行是否除以了某个变量且这个变量此时恰为0。导致这个既可能是脚本bug，也可能是当前结构下有巧合。
或者你把结构导出为xyz格式，用VMD载入，可以更方便地观看和分析氢键数目。