求助：Gromacs 非平衡MD模拟到一定时间体系静止

qmlearner

大家好，我的一个体系做非平衡动力学模拟时，模拟到一定的时间后（比如3 ns后）整个体系就静止不动了，静止前看轨迹体系都是正常的。

体系中有氧化石墨烯板、石墨烯板和水。氧化石墨烯和水是amber力场，石墨烯是gaff力场。

以前同一个体系，用同样的.mdp文件跑，没有出现这个问题。

以前跟现在的不同点是：以前氧化石墨烯和石墨烯板都是oplsaa力场，石墨烯是柔性的；

目前的模拟，根据社长的建议，用sobtop生成石墨烯的gaff力场文件，石墨烯是刚性的。

两个模拟除此之外没有其他区别了。请问下这可能是什么原因呢？非常感谢！

qmlearner

sobereva 发表于 2022-5-3 12:01
没轨迹我不好说
对水和石墨烯作为两个组，分别监控温度（本来也应当分别控温），如果水的组的温度明显高 ...

谢谢卢老师，我去尝试一下：））

sobereva

qmlearner 发表于 2022-5-2 10:44
非常感谢卢老师，我上传了体系相关文件（.zip）。
我看了一下体系温度，当体系开始静止时，温度没有趋于 ...

没轨迹我不好说
对水和石墨烯作为两个组，分别监控温度（本来也应当分别控温），如果水的组的温度明显高于0，原理上水不可能是静止的
当前情况不要把水弄成消整体运动的组。这种带真空区的体系不能用EnerPres

qmlearner

sobereva 发表于 2022-4-30 07:58
没具体结构图、mdp、具体拓扑文件等很难说
监控一下温度变化，看是不是越来越接近0。是的话，在确认拓扑文 ...

非常感谢卢老师，我上传了体系相关文件（.zip）。
我看了一下体系温度，当体系开始静止时，温度没有趋于0，而是趋于一个很高的温度。这是什么原因呢，应该怎么设置相关参数呢？

我想让石墨烯刚性，是因为我要在石墨烯上施加一个外力，通过拉动石墨烯板把液体压过一定的通道。
我看相关文献类似的体系几乎都是把石墨烯作为刚性板。卢老师您认为这种情况柔性的石墨烯板也可以吗？ 非常感谢！

sobereva

没具体结构图、mdp、具体拓扑文件等很难说
监控一下温度变化，看是不是越来越接近0。是的话，在确认拓扑文件本身没问题的前提下，确认控温设置、相互作用计算的设置等方面是否没问题

石墨烯也没必要非当成刚性（假设你用的freeze），要达到固定结构的目的用限制势就可以。在力场参数合理的前提下，不做位置限制也完全可以。