求助：Gromacs关于原子信息的note是否可以忽略

HZW · 发表于 Post on 2022-4-30 13:38:22

本帖最后由 HZW 于 2022-5-1 21:41 编辑

大家好，请问下我用AmberTools21准备核酸的力场文件后(具体命令如下），再用最新版的acpype转成gmx格式后；在Gromacs中进行能量最小化时候，报了一个如下图所示的note2，请问这个该如何解决，谢谢！

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source leaprc.RNA.OL3
source leaprc.water.tip3p
mol = loadpdb A-U.pdb
solvatebox mol TIP3PBOX 20.0
loadamberparams frcmod.ions1lm_126_tip3p
addIonsRand mol LI 0
savepdb mol A-U_solv.pdb
saveamberparm mol A-U_solv_Li.prmtop A-U_solv_Li.inpcrd
quit

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HZW · 发表于 Post on 2022-5-4 21:44:10

sobereva 发表于 2022-5-4 09:44
直接在gmx里恰当定义力场文件就可以用Merz的12-6的离子参数

好的，谢谢卢老师。

sobereva · 发表于 Post on 2022-5-4 09:44:19

HZW 发表于 2022-5-3 22:04
因为我想用TIP3P的水模型+Li-Merz的最新的12-6离子参数测试；后续可能还要测试OPC和OPC3的水模型。

直接在gmx里恰当定义力场文件就可以用Merz的12-6的离子参数

HZW · 发表于 Post on 2022-5-3 22:04:43

sobereva 发表于 2022-5-3 11:48
直接用pdb2gmx创建拓扑文件，用genion加离子就完了，没什么明显理由非得依靠AmberTools

因为我想用TIP3P的水模型+Li-Merz的最新的12-6离子参数测试；后续可能还要测试OPC和OPC3的水模型。

sobereva · 发表于 Post on 2022-5-3 11:48:30

直接用pdb2gmx创建拓扑文件，用genion加离子就完了，没什么明显理由非得依靠AmberTools

HZW · 发表于 Post on 2022-5-1 21:51:27

sobereva 发表于 2022-5-1 15:51
搞清楚A-U_solv_li这个moleculetype记录的是什么东西。相关itp/top文件也不上传，别人没法判断

不好意思，卢老师，忘了上传，就是我使用AmberTools21添加锂离子（命令：addIonsRand mol Li+ 0），然后直接报错，对于常见的钾离子和钠离子则不会；而当我使用命令：addIonsRand mol LI 0添加时则不会报错，但是使用acpype转换成gmx格式后却没有对应的离子的信息；比如像添加钠离子后topol文件后会有：
[ moleculetype ]
  ; molname    nrexcl
  NA+          1

[ atoms ]
  ; id_ at type res nr  residue name    at name  cg nr  charge mass
1    Na+    1       NA+       NA+    1    1    22.9898

目前我可以从gmx这边处理，两种方式：
一是直接改添加锂离子后的topol.top文件；
一种是在AmberTools21中添加钾离子，然后再把对应的离子信息改为锂离子。
但是我想从AmberTools这边解决，看问题出现在哪里。

sobereva · 发表于 Post on 2022-5-1 15:51:53

搞清楚A-U_solv_li这个moleculetype记录的是什么东西。相关itp/top文件也不上传，别人没法判断

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