LAMMPS生成的dump文件怎么转换格式写入Multiwfn计算孔洞体积

xiaoheihei · 发表于 Post on 2022-5-8 09:45:23

哈喽，老师们好，我是用lammps模拟了纯铁的激光熔化，下图是将dump文件导入可视化软件ovito观察到的孔洞情况，

我想计算孔洞的体积分数，学习了这篇教程学：使用Multiwfn图形化展示分子动力学模拟体系中的孔洞、自由区域 - 思想家公社的门口：量子化学·分子模拟·二次元 (sobereva.com)
但是我自己模拟结果生成的文件是".data"格式，这个格式不支持Multiwfn程序的计算，我想请问老师们怎么才能把.data格式的文件转换成支持Multiwfn程序计算的格式？

foging · 发表于 Post on 2024-4-21 15:30:21

xiaoheihei 发表于 2022-5-9 10:30
谢谢老师，之前用的ovito没有办法转成需要的格式，下载vmd之后转换成功了，而且测试了自己用lammps建立的 ...

你好，请问下是进行了哪两种格式的转化呢，可不可以把data格式转为pdb格式

xiaoheihei · 发表于 Post on 2022-5-9 10:30:23

sobereva 发表于 2022-5-8 10:03
保存成xyz或pdb等Multiwfn认识的格式，支持什么格式在《详谈Multiwfn支持的输入文件类型、产生方法以及相互 ...

谢谢老师，之前用的ovito没有办法转成需要的格式，下载vmd之后转换成功了，而且测试了自己用lammps建立的简单模型，也计算成功了，再次感谢老师！

sobereva · 发表于 Post on 2022-5-8 10:03:38

保存成xyz或pdb等Multiwfn认识的格式，支持什么格式在《详谈Multiwfn支持的输入文件类型、产生方法以及相互转换》（http://sobereva.com/379）里写得十分明确。
VMD应该能做到

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[Lammps] LAMMPS生成的dump文件怎么转换格式写入Multiwfn计算孔洞体积