Gaussian16计算分子筛孔道内酸位点反应，固定坐标后找过渡态遇到问题

MZTNXWXBCLA · 发表于 Post on 2022-5-9 10:55:21

本人接着已经毕业的师姐的工作，师姐做了愈创木酚在HZSM-5分子筛催化裂化的实验后，用MS的Dmol3计算一些反应机理，但我发现她的ms的过渡态计算文件里的振动分析居然一个虚频都没有
再加上本人研一，只接触了一些高斯，所以现在尝试用高斯计算该反应机理，最初计算的时候，我没有固定坐标，结果算到后面整个分子筛的孔道结构就“炸”开了
后来将如下图所示的部分原子松弛优化，其余原子固定来搜寻过渡态，结果在计算时发现out文件里松弛优化的原子部分几乎没什么移动

ycmf-ts1.gjf (9.12 KB, 下载次数 Times of downloads: 15)

ycmf-ts1f-new.7z (599.13 KB, 下载次数 Times of downloads: 7)
输出文件太大，我给压缩了一下
想请教一下各位，它这为什么松弛优化的部分几乎没什么变化呢？
之前我还试过除了酸位点上的H和愈创木酚外其他都固定的情况，但那种情况下算出来的结果只有一堆因为固定坐标而产生的-150左右的虚频，看不出来过渡态的趋势
还是说这种结构不适合用高斯去计算，应该用其他的软件呢？

sobereva · 发表于 Post on 2022-5-9 21:26:32

MZTNXWXBCLA 发表于 2022-5-9 19:19
好的好的，谢谢sob老师
那我这个除了调整初猜结构外，输入文件有什么别的问题吗，可不可以加iop(1/8=5) ...

凡是有现成关键词的，都不要写成难记的IOp
iop(1/8=5)应当改成在opt里写maxstep=5
没有别的显著问题。减小步长上限对当前情况意义不大。通常是能看出优化到了大致期望的结构，最后老是微小震荡不收敛时才尝试减小步长上限

MZTNXWXBCLA · 发表于 Post on 2022-5-9 19:19:05

sobereva 发表于 2022-5-9 12:39
Gaussian完全适合，不要怀疑这点

初猜结构不当，导致结构没往过渡态方向去收敛

好的好的，谢谢sob老师
那我这个除了调整初猜结构外，输入文件有什么别的问题吗，可不可以加iop(1/8=5)这样的关键词呢？

sobereva · 发表于 Post on 2022-5-9 12:39:52

Gaussian完全适合，不要怀疑这点

初猜结构不当，导致结构没往过渡态方向去收敛

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[新手求助] Gaussian16计算分子筛孔道内酸位点反应，固定坐标后找过渡态遇到问题

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