关于ntp过程对分子结构的影响问题

UTM · 发表于 Post on 2022-5-9 20:04:51

一直有一个问题想请教各位老师和同学，在进行最终的md模拟之前需要先使用NPT系综进行平衡相模拟保证体系的温度、压力和能量达到平衡。但是在进行平衡相模拟的时候模拟的分子构象就会发生变化，那在进行md模拟的时候的初始结构不就和想要的初始结构不同了吗？这个问题该如何解决呢？

UTM · 发表于 Post on 2022-5-9 21:51:19

sobereva 发表于 2022-5-9 21:28
柔性分子在MD过程中，只要温度够高，总是会不断发生构象变化，这是必然的，搞清楚MD的本质是什么，势能面是 ...

好的，谢谢sob老师。

sobereva · 发表于 Post on 2022-5-9 21:28:38

柔性分子在MD过程中，只要温度够高，总是会不断发生构象变化，这是必然的，搞清楚MD的本质是什么，势能面是什么

也建议看看此文，对于正确理解一些相关问题有帮助
使用Molclus结合xtb做的动力学模拟对瑞德西韦(Remdesivir)做构象搜索
http://bbs.keinsci.com/thread-16255-1-1.html（http://sobereva.com/532）

UTM · 发表于 Post on 2022-5-9 21:10:06

sobereva 发表于 2022-5-9 20:58
说清楚模拟的是什么体系的什么问题
脱离基本前提问这种问题没意义

进行md模拟之后发现md过程的势能、温度、压力没有变化的趋势，肉眼观察构象会在两种之间变化，这是否说明npt过程已经产生了最终的构象了？

UTM · 发表于 Post on 2022-5-9 21:04:50

sobereva 发表于 2022-5-9 20:58
说清楚模拟的是什么体系的什么问题
脱离基本前提问这种问题没意义

模拟的是分子在溶剂中的构象变化以及氢键变化，在em过程后构象没有变化，但进行了NPT系综平衡相模拟的时候构象已经发生了改变，所以拿NPT之后的构象做最终的md模拟就没法给出溶剂对原始构象的影响了呀（因为在NPT之后构象已经改变了）

sobereva · 发表于 Post on 2022-5-9 20:58:28

说清楚模拟的是什么体系的什么问题
脱离基本前提问这种问题没意义

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