VMD计算氢键时所遇到的问题

airbang · 发表于 Post on 2022-5-13 23:52:40

本帖最后由 airbang 于 2022-5-13 23:52 编辑

老师，这是我在平衡（10ns）后加入电场进行模拟时遇到的问题，我分别计算了跑平衡时的氢键数和加入电场之后的氢键数发现前面几帧同样的都会出现骤降是不是我的模型或者计算的氢键的程序有问题
计算氢键的程序附上

airbang · 发表于 Post on 2022-5-14 08:57:43

sobereva 发表于 2022-5-14 00:43
体系从严重非平衡状态开始弛豫的一开始总是伴随着结构特征的显著变化，没什么新鲜的
另外，“跑平衡时的氢 ...

好的谢谢sob老师

sobereva · 发表于 Post on 2022-5-14 00:43:06

体系从严重非平衡状态开始弛豫的一开始总是伴随着结构特征的显著变化，没什么新鲜的
另外，“跑平衡时的氢键数”语义不明，这描述的是一个状态，而不是一个过程，而你列出的氢键数变化是对于一个过程而言的。
还要提醒的接着当前模拟续跑的时候应当延续之前模拟最后的状态（如使用之前模拟最终的速度作为本次模拟的起始速度），否则一开始总是处于严重不平衡

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