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[Sobtop] Sobtop 1.0(dev 3.1)发布

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灵活、方便的产生GROMACS拓扑文件的Sobtop 1.0(dev 3.1)今日发布,已可以在主页http://sobereva.com/soft/Sobtop下载。


之前有人希望让Sobtop支持xtb产生的Hessian,因为xtb能对很大体系做振动分析。现在Sobtop 1.0(dev 3.1)在载入Hessian矩阵的地方已经可以用xtb做--ohess任务后在当前目录下产生的名为Hessian的文件作为这一步的输入文件了。

当然,别对GFN-xTB的Hessian的质量有太高期望,这只能算是聊胜于无。遇到DFT做振动分析实在搞不动的贼大体系可以试试。


另外,sobtop.ini里增加了iskipgendih选项,有些体系完全不需要靠二面角来描述(如很多无机固体),这种情况可以把此选项设1来忽略无用的二面角的产生,对体系特别大时能节约不少时间。sobtop.ini里还增加了ioutatminfo选项,设成1后,载入结构文件后原本在屏幕上显示的原子坐标和连接关系信息都会输出到当前目录下的atminfo.txt文件中便于检查。

Sobtop之前的版本会对产生的键角、二面角项按原子序号由小到大自动做排序,以便于用户检查。但对于含有十几、几十万angle、dihedral项的时候这一步极为耗时,由于重要性也不太高,所以新版本中当angle、dihedral项超过50000时会自动忽略排序。




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发表于 Post on 2023-9-19 17:13:12 | 只看该作者 Only view this author
hld888 发表于 2022-7-22 22:24
**** 作者被禁止或删除 内容自动屏蔽 ****

你好,请问对于这个问题一般怎么处理呢?

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2023-8-16 07:35:20 | 只看该作者 Only view this author
lujiahao 发表于 2023-8-15 15:10
请问一下老师,在采用sobtop构建18个重复单元共计3960个原子体系的top文件的时候,总是闪退,但是gro文件的 ...

http://sobereva.com/soft/Sobtop/#FAQ明确说了

再顺带一说,有些零基础的GROMACS初学者,居然试图用Sobtop产生整个模拟体系(含一大堆分子)的拓扑文件,然后直接用GROMACS跑,这种做法是极端野蛮粗暴不可理喻的。这么做可能在Sobtop里耗时很高,而且所有分子的拓扑信息都搅合在一起作为一个[ moleculetype ]出现时会特别难以管理和修改。
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发表于 Post on 2023-8-15 15:59:02 | 只看该作者 Only view this author
lujiahao 发表于 2023-8-15 15:10
请问一下老师,在采用sobtop构建18个重复单元共计3960个原子体系的top文件的时候,总是闪退,但是gro文件的 ...

完全没有必要建立这么大的模型来生成拓扑文件,用单分子就行。gromacs的top文件里面写个分子数就行。

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发表于 Post on 2023-8-15 15:10:02 | 只看该作者 Only view this author
请问一下老师,在采用sobtop构建18个重复单元共计3960个原子体系的top文件的时候,总是闪退,但是gro文件的时候又没有问题,请问是体系太大了的原因吗?MOL2文件中已经采用MOE计算了opls-aa力场下的电荷。

BTA5.mol2

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2023-7-13 19:22:16 | 只看该作者 Only view this author
FLFL 发表于 2023-7-13 18:05
请问老师使用sobtop怎么在论文中引用呢

sobtop主页上明确说了
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发表于 Post on 2023-7-13 18:05:15 | 只看该作者 Only view this author
请问老师使用sobtop怎么在论文中引用呢

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2023-3-11 23:03:12 | 只看该作者 Only view this author
huangjin 发表于 2023-3-9 21:02
请教一个问题,使用sobtop生成的gro文件是否可以作为结构优化后的分子进行RESP电荷计算?

sobtop自身并不会优化结构
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发表于 Post on 2023-3-9 21:02:59 | 只看该作者 Only view this author
请教一个问题,使用sobtop生成的gro文件是否可以作为结构优化后的分子进行RESP电荷计算?

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发表于 Post on 2023-1-26 03:00:28 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2023-1-25 09:03
你可以用parmED或acpype把sobtop产生的带谐振势的二面角的拓扑文件转成prmtop,然后看里面怎么写的

明白了,这些Amber FileFormats上都没写,谢谢老师!

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2023-1-25 09:03:38 | 只看该作者 Only view this author
Kalinite 发表于 2023-1-25 02:54
antechamber -i ph.pdb -fi pdb -o ph.mol2 -fo mol2
parmchk2 -i ph.mol2 -f mol2 -o ph.frcmod -a y
...

你可以用parmED或acpype把sobtop产生的带谐振势的二面角的拓扑文件转成prmtop,然后看里面怎么写的
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发表于 Post on 2023-1-25 02:54:01 | 只看该作者 Only view this author
喵星大佬 发表于 2023-1-25 01:31
不可能的,Antechamber生成小分子的GAFF力场拓扑文件的时候芳香原子上就用的偕振室,照着改就好了

antechamber -i ph.pdb -fi pdb -o ph.mol2 -fo mol2
parmchk2 -i ph.mol2 -f mol2 -o ph.frcmod -a y
这是我对一个苯分子产生的.frcmod,其中二面角部分如下:
DIHE
ca-ca-ca-ca   4   14.500       180.000           2.000
ca-ca-ca-ha   4   14.500       180.000           2.000
ha-ca-ca-ha   4   14.500       180.000           2.000
按照amber官网给出的文件格式,这里使用的应该是周期性形式,即: (PK/IDIVF) * (1 + cos(PN*phi - PHASE)) (http://ambermd.org/FileFormats.php)
官网和手册上都没提到二面角有谐振形式,应当怎么定义呢?

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发表于 Post on 2023-1-25 01:31:31 | 只看该作者 Only view this author
Kalinite 发表于 2023-1-25 00:52
amber貌似只支持普通周期形式的二面角参数,或者通过多项组合达到类似于Fourier级数的效果,没法用谐振势

不可能的,Antechamber生成小分子的GAFF力场拓扑文件的时候芳香原子上就用的偕振室,照着改就好了

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发表于 Post on 2023-1-25 00:52:34 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2023-1-24 07:27
amber我很长时间不用了,细节记不清。Amber里为什么不也用improper之类谐振势的二面角?至于用Fourier级 ...

amber貌似只支持普通周期形式的二面角参数,或者通过多项组合达到类似于Fourier级数的效果,没法用谐振势

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2023-1-24 07:27:00 | 只看该作者 Only view this author
Kalinite 发表于 2023-1-24 03:43
请问sob老师,sobtop产生的刚性二面角参数,如果想将之用于Amber,用Fourier级数在(-pi+theta_0,pi+theta_0 ...

amber我很长时间不用了,细节记不清。Amber里为什么不也用improper之类谐振势的二面角?至于用Fourier级数展开,只要二面角实际运动的范围是Fourier级数曲线与谐振势曲线重合程度比较好的地方,那也可以
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