Gaussian中关于计算叶绿素这样带电分子的输入文件的疑问

shuihua

各位老师好，在优化叶绿素a结构的时候出了一些困难。https://doi.org/10.1080/00387010.2013.78103文章中作者从3ARC和2X20里面去掉其他结构，只保留叶绿素。然后放在Gaussian中计算。我也跟着尝试了一下，但是发现计算出错。我认为是我输入文件中叶绿素的镁离子出了问题，是否我应该在文件中加入分子的带电数。
我的结构
文章中的结构


以下是我的输入文件
%chk=chloro.chk
# opt freq=raman b3lyp/6-31+g(d)

chloro

0 1
C                  5.80629169   -4.58117074    2.46885242
…………
H                -14.07581231   -3.57284574   -3.21606258
H                -12.67639431   -4.02833774   -2.22277758
H                -15.47489831   -0.94018574   -2.19116758
H                -15.44623631   -2.62553374   -1.66599158
H                -15.54021231   -1.89800674    0.73688042
H                -15.47888731   -0.20824874    0.23183942
H                -17.66117431   -0.49289374   -0.97615358
H                -19.10245131   -2.47960074   -0.44407958
H                -17.66798131   -2.96436374   -1.37199758
H                -17.73171331   -3.25706774    0.38368942
H                -19.05728931   -0.48528674    1.10392942
H                -17.55852631    0.44854726    1.33988942
H                -17.70589431   -1.18793974    2.02477242
Mg                 5.18464701   -1.26385435   -0.51306507

mengyuancui

请问对叶绿素a结构优化您选择的是什么方法呀？

shuihua

wzkchem5 发表于 2022-5-24 23:55
结构不合理，（1）有的甲基不是四面体结构，（2）卟啉环上多了两个氢。另外电荷也设错了，虽然Mg带+2电荷 ...

谢谢您这么晚还回复我的帖子！我马上看看！

wzkchem5

shuihua 发表于 2022-5-24 13:41
您好，想向您请教一个问题。整个计算过程没有报错，但是计算结果明显有点问题。。。关键词# td=(nstates= ...

结构不合理，（1）有的甲基不是四面体结构，（2）卟啉环上多了两个氢。另外电荷也设错了，虽然Mg带+2电荷，但是配体带-2电荷，这个只要画共振式就能看出来。
必须先优化结构，且确认没有虚频，才能做TDDFT计算。不能不经优化就做TDDFT计算。

shuihua

wzkchem5 发表于 2022-5-18 20:21
提问的常识：但凡说程序报错，必须给出完整的报错输出。报错未必是结构不合理导致的，必须给出输出文件里具 ...

您好，想向您请教一个问题。整个计算过程没有报错，但是计算结果明显有点问题。。。关键词# td=(nstates=15) b3lyp/cc-pvdz
不知道哪里出了问题……感谢您的赐教！

shuihua

wzkchem5 发表于 2022-5-18 20:21
提问的常识：但凡说程序报错，必须给出完整的报错输出。报错未必是结构不合理导致的，必须给出输出文件里具 ...

我马上看一下！忘记这个规矩了

wzkchem5

提问的常识：但凡说程序报错，必须给出完整的报错输出。报错未必是结构不合理导致的，必须给出输出文件里具体的报错信息，我们才能判断如何解决报错

shuihua

Gaussian计算时是不考虑原子间的化学键的，因此镁离子是否与卟啉环中间的N成键是没有任何影响的吧。