在MacOS上使用功能强大的Ambertools22

社会主义小战士

(Ambertools官网：https://ambermd.org/AmberTools.php)

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• AmberTools概述
  
  

AmberTools是由几个独立开发的软件包组成，可用于完整的分子动力学模拟。

AmberTools是免费的，其组件大多根据GNU通用公共许可证（GPL）发布。包括一些开源的或具有其他开源许可证的组件。

2022年4月27日发布的最新版AmberTools22包含以下主要功能：

• NAB/sff：用于构建分子、运行MD模拟或应用距离几何约束
• antechamber/MCPB：用于为有机分子和金属配合物创建力场
• tleap/parmed：用于Amber模拟的基本准备
• sqm：用于半经验和DFTB量子化学计算
• pbsa：求解Poisson-Boltzmann模型的数值解
• 3D-RISM：求解溶剂的积分方程模型
• sander：用于分子动力学模拟的负荷
• gem.pmemd：用于使用高级力场
• mdgx：用于参数拟合边界，以及自定义的虚拟位点和显式溶剂MD
• cpptraj/pytraj：用于分析结构和动力学轨迹
• MMPBSA.py：用于MD轨迹的能量分析
  
  

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• 更新功能
  
  

略

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• 开始在MacOS上进行安装！！！
  
  
  

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• 打开终端检查配置
• # conda -V       #检查macOS有没有安装conda
• # brew install conda       #如果没有输出conda的版本信息，执行这一步安装conda
• # conda create --name AmberTools22
• # conda activate AmberTools22
• # conda install -c conda-forge ambertools=22 compilers
• # conda update -c conda-forge ambertools
  
  
  

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  以上就是利用conda相对比较方便的安装方法，是不是觉得很便捷？实际上在操作过程中会报出各种奇怪的错，比如某些库的缺失等......因此，以下以笔者亲身经验详细解释如何在MacOS上通过源码进行编译安装！
  
  
  

# 您的关注与支持是对笔者最大的鼓励，笔者也将在后续文章中分享更多的心得体会！

• 第一步   在官网下载压缩包 AmberTools22.tar.bz2
                打开终端，输入pwd查看当前目录
  
  

                   假设当前目录是 ～/daijh

                   新建工作目录AMBERJOB

                   # mkdir AMBERJOB                          #回车

                   # cd AMBERJOB                               #回车

                   # pwd                                                 #回车将看到以下信息

                   #  ～/daijh/AMBERJOB

                   将下载的压缩包放置于 #  ～/daijh/AMBERJOB目录下

• 第二步   解压缩文件
  
  

                   # tar -jxvf AmberTools22.tar.bz2   #回车

• 第三步   确定配置，开始编译
  
  

                   解压后会得到一个Amber22_src目录

                   进入该目录下的build进行编译

                   # cd Amber22_src/build                    #回车

                   # ./run_cmake                                     #回车即开始编译

                   # make install                                      #编译完成后安装

• 第四步   编译完成，测试
                 略
  
  

• 只需要每次使用前source一下amber的绝对路径即可，这里取决于你的电脑里的实际情况，如：
  
  

                   # source /home/xxxx/amber22/amber.sh

dayu8278

请问下老师，这块怎么办？实在是找不到解决办法了

makisekurisu

makisekurisu 发表于 2022-10-11 11:57
解压之后的这个Amber22_src目录在哪里嘞？呜呜
没有找到

草 是我下载错包了 在conda-forge那边下的，才100M，正常400多

makisekurisu

解压之后的这个Amber22_src目录在哪里嘞？呜呜
没有找到