求助：Sobtop生成top时的一些疑问

yolo-blossom · 发表于 Post on 2022-5-31 08:56:27

老师好，我想通过Sobtop生成离子液体BMIMCL的gromacs文件，然后进行分子动力学模拟。在导入BMIMCL的mol2文件以后，gro文件能正常的生成，但是在进行生成top文件时出现一个提示，如下图所示。当我继续选择3，使用GAFF时，Sobtop没有提示直接退出了，我的目录中也只生成了gro文件。所以想问问老师是我哪里操作出现了问题。（mol2文件是在Pubchem下载sdf文件转换生成的）以下是截图和mol2文件。

yolo-blossom · 发表于 Post on 2022-6-1 08:20:45

sobereva 发表于 2022-6-1 04:03
你视频里报错瞬间的提示

感谢sob老师的耐心解答我找到原因了因为我是在mac电脑的虚拟机上面使用的，就导致无法生成，换到win的电脑以后就没有问题了

sobereva · 发表于 Post on 2022-6-1 04:03:47

yolo-blossom 发表于 2022-5-31 10:04
视频录制

你视频里报错瞬间的提示

我不知道你用的是什么奇怪的运行环境。Sobtop只支持windows、Linux（实体或虚拟机），MacOS、WSL等其它情况都不官方支持。不要以非主流环境运行sobtop

yolo-blossom · 发表于 Post on 2022-5-31 10:04:19

视频录制

yolo-blossom · 发表于 Post on 2022-5-31 10:03:54

sobereva 发表于 2022-5-31 09:42
选3之后毫无问题，GAFF原子类型都指认成功

sob老师首先感谢您的回复，我又重新安装了一下最新版本的sobtop,但是还是出现了闪退的现象我录制了一小段视频辛苦您再看一下

sobereva · 发表于 Post on 2022-5-31 09:42:54

选3之后毫无问题，GAFF原子类型都指认成功

并没有出现自动退出的情况。自动退出肯定是运行方式不对，诸如用Linux却不是在Sobtop所在目录下运行的Sobtop
确保用的是sobtop最新版本

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